добавление пакета RMySQL в R не удается (в Windows)?

StackOverflow https://stackoverflow.com/questions/4785933

  •  24-10-2019
  •  | 
  •  

Вопрос

Я не могу понять, почему мой пакет RMySQL не устанавливается. Вот что я получаю:

> install.packages('RMySQL',type='source')
trying URL 'http://cran.mirrors.hoobly.com/src/contrib/RMySQL_0.7-5.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 160769 bytes (157 Kb)
opened URL
downloaded 157 Kb

* installing *source* package 'RMySQL' ...
ERROR: configuration failed for package 'RMySQL'
* removing 'C:/PROGRA~1/R/R-212~1.0/library/RMySQL'

The downloaded packages are in '(foo)'

Warning message:
In install.packages("RMySQL", type = "source") : installation of package 'RMySQL' had    non-zero exit status

Я не думаю, что это проблема с установкой MySQL, поскольку правильные значения, похоже, находятся в реестре:

> Sys.getenv('MYSQL_HOME')
                 MYSQL_HOME "C:/PROGRA~1/MySQL/MYSQLS~1.1/" 
> readRegistry("SOFTWARE\\MySQL AB", hive="HLM", maxdepth=2)
$`MySQL Server 5.1`
$`MySQL Server 5.1`$DataLocation
[1] "C:\\Documents and Settings\\All Users\\Application Data\\MySQL\\MySQL Server 5.1\\"

$`MySQL Server 5.1`$FoundExistingDataDir 
[1] "0"

$`MySQL Server 5.1`$Location 
[1] "C:\\Program Files\\MySQL\\MySQL Server 5.1\\"

$`MySQL Server 5.1`$Version
[1] "5.1.54"

Озадачен.Любая помощь будет принята с благодарностью!

Это было полезно?

Решение

Описан основной процесс здесь, но есть несколько подсказок, поэтому опишу всё решение (при необходимости измените версию R и пути):

  1. Установите последнюю версию RTools с здесь
  2. установите MySQL или файлы заголовков и библиотеки MySQL
  3. создать или отредактировать файл C:\Program Files\R\R-2.12.1\etc\Renviron.site и добавьте строку типа MYSQL_HOME=C:/mysql (путь к вашим файлам MySQL)
  4. скопируйте libmysql.lib из mysql/lib в mysql/lib/opt, чтобы удовлетворить зависимости.
  5. скопируйте libmysql.dll в C:\Program Files\R\R-2.12.1\bin или чтобы windows/system32 каталог.
  6. бегать install.packages('RMySQL',type='source') и дождитесь окончания компиляции.

У меня это сработало на 64-битной Windows 7, поэтому с 32-битными версиями проблем быть не должно.

Изначально опубликовано здесь (аналогичный вопрос).

Другие советы

Сначала я бы попробовал следовать инструкциям на этой странице: http://biostat.mc.vanderbilt.edu/wiki/Main/RMySQL

Затем убедитесь, что на вашем компьютере действительно есть клиент MySQL, а не только сам сервер.У меня самого возникла проблема: мне пришлось использовать более старый двоичный файл для клиента, но вы можете скачать его с веб-сайта mysql.

Я создал двоичный файл, который может подойти людям:

http://kenahoo.blogspot.com/2011/09/rmysql-binary-for-windows-7.html

По сути, я следовал всем этим указаниям, включая те, которые приведены на странице Вандербильта, но по той или иной причине это не всегда работает.В любом случае, надеюсь, что это может быть полезно для людей, у которых есть те же версии программ, что и я.

У меня была такая же проблема в Windows 7 с R 2.12.1 x64, и я решил ее:

  1. Изменение каталога R в моем PATH переменная для C:\Program Files\R\R-2.12.1\bin\x64 (а не просто ...\R-2.12.1\bin).
  2. Копирование ...\MySQL Server 5.5\lib\libmysql.dll к ...\MySQL Server 5.5\bin\.
  3. Бег R CMD INSTALL RMySQL_0.7-5.tar.gz в cmd.exe (install.packages('RMySQL',type='source') в R все равно не будет работать).

Я наткнулся на это пошаговое руководство по установке RMySQL в 64-битной версии Windows7.

http://www.ahschulz.de/2013/07/23/installing-rmysql-under-windows/

Программное обеспечение, которое я использовал:

  1. ОС Windows 8
  2. Р3.0.2 — 64бит
  3. Ртулс 3.1
  4. MySQL Server Community Edition 5.6 – 64-битная версия

Следуя приведенному выше руководству (с предоставленными скриншотами), моя установка и загрузка пакета RMySQL работает.

Большое спасибо Арне Хендрику Шульца!

Как сказал Марек.Для этого пакета не существует двоичного файла Windows.У меня были похожие проблемы на моем Mac, когда я пытался установить RPostgreSQL (поскольку для Mac нет двоичного файла), в конце концов мне пришлось скомпилировать его самостоятельно и изменить несколько файлов.

Что касается MySQL (если вы мало что знаете о MySQL), вы можете использовать ВАМП это, по общему признанию, больше, чем вам нужно, но его легко установить, запустить и выключить.

Для некоторой помощи по компиляции вы можете быть заинтересованы в Rtools

ХТХ

КСТАТИ:Какие окна у вас установлены (извините, если пропустил)

Однако в настоящее время существует одно дополнительное требование (с сервером MySQL версии 5.5 и R2.12.1): следуйте инструкциям http://biostat.mc.vanderbilt.edu/wiki/Main/RMySQL в настоящее время в качестве местоположения libmySQL.dll. отличается от ожидаемого в упаковке.

то естьдля 64-битной компиляции.Он ожидает, что libmysql.dll будет в "$ {mysql_home}"/bin/libmysql.dll, так что просто скопируйте DLL в DIR/bin, и теперь он будет компилироваться.

для 32-битной компиляции.libmySQL.lib ожидается в "${MYSQL_HOME}"/lib/opt/libmysql.lib Опять же, перемещение этого должно решить проблему.

Альтернативно, если вы не хотите или не можете перемещать эти файлы.Затем вы можете редактировать файлы исходного кода:Makevars.win Makevars.win32 Makevars.win64 соответствующее указание на /lib/libmysql.dll /lib/libmysql.lib

Добавьте каталог MySQL и RTools в PATH!

Вот мой ПУТЬ ; ~blah~;C:\Program Files\MySQL\MySQL Server 5.5\bin;c:\rtools\bin;C:\Rtools\gcc-4.6.3\bin;

Последние 2 дня я работал над установкой R с пакетом RMySQL и наконец нашел решение для этого. Вот шаги по установке пакета RMySQL:

  1. СКАЧАЙТЕ ПРОГРАММНОЕ ОБЕСПЕЧЕНИЕ ПО СЛЕДУЮЩИМ ССЫЛКАМ:*а.Р2.13.2:Загрузите R с http://cran.stat.sfu.ca/index.html

      b. RTools 214:  Download RTools from http://cran.cict.fr

  c. RMySQL 0.8-0.tar.gz: Download RMySQL from 
  http://biostat.mc.vanderbilt.edu/wiki/main/RMySQL/RMySQL_0.8-0.tar.gz

  d. MySQL Server 5.0: download it from http://dev.mysql.com

  e. RSTUDIO (optional): download it from http://rstudio.org*

  2. УСТАНОВИТЕ СЛЕДУЮЩИЕ ПЕРЕМЕННЫЕ СРЕДЫ

     * a. MYSQL_HOME : <drive>/path to MySQL installation folder
      e.g. MYSQL_HOME= C:\Program Files\MySQL\MySQL Server 5.5\ 

  b. R_HOME: <drive>/path to R installation
     e.g. R_HOME=C:\Program Files\R\R-2.13.2\

  c. PATH: Modify path to accommodate the above variables. *

    Убедитесь, что в переменную Windows PATH включены следующие пути: tools\2.14\bin tools\2.14\MinGW\bin tools\2.14\MinGW64\bin

  3. СОЗДАТЬ ПАПКУ И КОПИРОВАТЬ ФАЙЛЫ

    а.ОПТ:Создайте папку OPT в C:\Program Files\MySQL\MySQL Server 5.5\lib и скопируйте ее.
    MYSQLLIB.LIB по указанному выше пути.Также скопируйте libmysql.dll в \ -2.14.0\bin\ (64-разрядная версия) или \ -2.14.0\bin\i386\ (32-разрядная версия) и в C:\Windows\System32.

б.Ренвирон.сайт:создать или отредактировать файл \ -2.14.0\etc environ.site и добавить файл линия:MYSQL_HOME ="C:/Программные файлы/MySQL/MySQL Server 5.5/" Примечание:ИСПОЛЬЗУЙТЕ ЗДЕСЬ косую черту и двойные кавычки.

в.libMySQL.dll:Скопируйте этот файл в папку C:\Program Files -2.13.2\bin\i386, а также в папку C:\Program Файлы -2.13.2\bin

  1. ВЫПОЛНЕНИЕ КОМАНД

    а.Установить.Пакеты:Запустите графический интерфейс R, щелкнув значок R на рабочем столе или в меню «Пуск».Тип УСТАНАВЛИВАТЬ. PACKAGES("RMySQL",type="Источники").Это позволит загрузить необходимое программное обеспечение из репозиториев.

б.Командная строка:Скопируйте загруженный zip-файл (на шаге 4.a.) и вставьте его в папку R установочная папка.Перейдите в меню «Пуск» и откройте командную строку.Перейдите в папку установки R и введите R CMD INSTALL RMySQL_0.8-0.tar.gz.

  *COMMANDS:
  >library(RMySQL)
   >drv = dbDriver("MySQL")
   >con = dbConnect(drv,host="localhost",dbname="test",user="root",pass="root")
   >album = dbGetQuery(con,statement="select * from t_master")
   >album*

18 месяцев спустя новый ноутбук, та же проблема.Возвращаясь к месту преступления - извините себя, январь 2011 года;мы в будущем, и эта инсталляция по-прежнему не приносит никакого удовольствия.

Уроки выучены:

-Обновлены RTools существенный.Получать их.

-Вы видите ошибку в строках .onLoad failed in loadNamespace() for 'RMySQL', details?Похоже, это означает, что возникла проблема с переменными системной среды.

В R запустите 

Sys.getenv('MYSQL_HOME')

Если он выплевывает обратно путь вроде

 [1] "C:\\Program Files\\MySQL\\MySQL Server 5.6"

ты в порядке.Но если он дает вам пустую строку, вам нужно установить это.

Это все направления Windows 7, но в XP процесс очень похож, если память не изменяет.

1) Откройте «Свойства системы» > «Дополнительно» > «Переменные среды».

2) В нижней панели «Системные переменные» нажмите «Создать».

3) Имя переменной MYSQL_HOME и значением является любой путь к вашей установке MySQL - у меня был C:\Program Files\MySQL\MySQL Server 5.6

Более новые версии MySQL, похоже, не создают переменную среды при установке - это, а также отсутствие двоичных файлов для RMySQL, объясняет, почему этот вопрос собрал 8000 ответов.

-Все еще застряли?Вот еще две подробные записи: 1, 2

Следующее сработало для меня в Red Hat Linux

wget http://cran.r-project.org/src/contrib/RMySQL_0.9-3.tar.gz
sudo R CMD INSTALL  --configure-args='--with-mysql-inc=/usr/include/mysql' --configure-args='--with-mysql-lib=/usr/lib64/mysql' RMySQL_0.9-3.tar.gz
Лицензировано под: CC-BY-SA с атрибуция
Не связан с StackOverflow
scroll top