Кокс регрессия в Matlab

Question

Я знаю, что есть CoxPhfit. Функция в Matlab, чтобы сделать регрессию COX, но у меня проблемы с пониманием того, как его применить.

1) Как сравнить две группы образцов с данными выживания в дни (survdays), цензура (cens) и некоторое предсказательское значение (x)? Группы, определенные groups логическая переменная. Группы имеют разное количество образцов.

2) Что такое базовый параметр в CoxPhith? Я прочитал документы, но как я должен правильно выбрать базовый уровень?

Было бы здорово, если вы знаете сайт с хорошими подробными примерами по медицинским данным выживания. Я нашел только MathWorks Demo. Это даже не упоминает Coxphfit.

Знаете ли вы, может быть еще одна 3-я сторонняя функция для регрессии Cox?

ОБНОВИТЬ: То r тег добавлен с момента ответа, который у меня есть, для р.

Answer 1

С анализом выживания функция опасности - это мгновенная смертная частота.

В этих анализах вы обычно измеряете, какой эффект что-то имеет на эту функцию опасности. Например, вы можете спросить: «Глиная мышьяка увеличивает скорость, на которой умирают люди?». Фоновая опасность - это уровень, на котором люди все равно умрут (без глотания мышьяка, в этом случае).

Если вы прочитали документы для coxphfit осторожно, вы заметите, что эта функция пытается рассчитать базовую опасность; Это не то, что вы входите.

Исходные значения x, в которых вычисляют базовую опасность.

Редактировать: Matlab's's coxphfit Функция не работает с групповыми данными. Если вы рады перейти к р, Затем Anaylsis - одноклассник.

library(survival)

#Create some data
n <- 20; 
dfr <- data.frame(
  survdays = runif(n, 5, 15),
  cens     = runif(n) < .3,
  x        = rlnorm(n),
  groups   = rep(c("first", "second"), each = n / 2)
)

#The Cox ph analysis
summary(coxph(Surv(survdays, cens) ~ x / groups, dfr))

Еще одно редактирование: это baseline Параметр для Matlab's's coxphfit кажется, нормализуя постоянную. RS. coxph Функция не имеет эквивалентного параметра. Я посмотрел внутрь Статистические вычисления Михаилом Кроули, и, похоже, предполагает, что базовый опасность не важен, поскольку он отменяет, когда вы рассчитываете вероятность того, что ваш человек умирает. См. Главу 33 и P615-616 в частности. Мои знания о том, как модель работает, не достаточно глубоко, чтобы объяснить несоответствие в реализациях MatLab и R; Возможно, вы могли бы спросить на Анализ статистики Exchange сайт.