فييلو بيوبيثون بناء أشجار

Question

أحاول بناء شجرة مع Biopython ، وحدة Phylo.
ما فعلته حتى الآن هو هذه الصورة:

يحتوي كل اسم على رقم أربعة أرقام متبوعًا - ورقم: يشير هذا الرقم إلى عدد المرات التي يتم فيها تمثيل التسلسل. وهذا يعني 1578 - 22 ، يجب أن تمثل تلك العقدة 22 سلسلة.

الملف مع التسلسلات المحاذاة: ملف
الملف مع المسافة لبناء شجرة: ملف

حتى الآن عرفت كيفية تغيير كل حجم من العقدة. كل عقدة لها حجم مختلف ، وهذا سهل القيام بمجموعة من القيم المختلفة:

    fh = open(MEDIA_ROOT + "groupsnp.txt")    
    list_size = {}
    for line in fh:
        if '>' in line:
            labels = line.split('>')
            label = labels[-1]
            label = label.split()
            num = line.split('-')
            size = num[-1]
            size = size.split()
            for lab in label:
                for number in size:
                    list_size[lab] = int(number)

    a = array(list_size.values())

لكن الصفيف تعسفي ، أود وضع حجم العقدة الصحيح في العقدة اليمنى ، جربت هذا:

         for elem in list_size.keys():
             if labels == elem:
                 Phylo.draw_graphviz(tree_xml, prog="neato", node_size=a)

ولكن لا شيء يظهر عندما أستخدم البيان if.

على أي حال من فعل هذا؟

سأقدر حقا!

شكرا لكم جميعا

Answer 1

لقد حصلت أخيرًا على هذا العمل. الفرضية الأساسية هي أنك ستستخدم labels/nodelist لبناء الخاص بك node_sizes. بهذه الطريقة يرتبطون بشكل صحيح. أنا متأكد من أنني أفتقد بعض الخيارات المهمة لجعل الشجرة تبدو 100 ٪ ولكن يبدو أن أحجام العقدة تظهر بشكل صحيح.

#basically a stripped down rewrite of Phylo.draw_graphviz
import networkx, pylab
from Bio import Phylo


#taken from draw_graphviz
def get_label_mapping(G, selection): 
    for node in G.nodes(): 
        if (selection is None) or (node in selection): 
            try: 
                label = str(node) 
                if label not in (None, node.__class__.__name__): 
                    yield (node, label) 
            except (LookupError, AttributeError, ValueError): 
                pass


kwargs={}
tree = Phylo.read('tree.dnd', 'newick')
G = Phylo.to_networkx(tree)
Gi = networkx.convert_node_labels_to_integers(G, discard_old_labels=False)

node_sizes = []
labels = dict(get_label_mapping(G, None))
kwargs['nodelist'] = labels.keys()

#create our node sizes based on our labels because the labels are used for the node_list
#this way they should be correct
for label in labels.keys():
    if str(label) != "Clade":
        num = label.name.split('-')
        #the times 50 is just a guess on what would look best
        size = int(num[-1]) * 50
        node_sizes.append(size)

kwargs['node_size'] = node_sizes
posi = networkx.pygraphviz_layout(Gi, 'neato', args='') 
posn = dict((n, posi[Gi.node_labels[n]]) for n in G) 

networkx.draw(G, posn, labels=labels, node_color='#c0deff', **kwargs)

pylab.show()

شجرة ناتجة