árboles de construcción phylo BioPython
Pregunta
Me tratando de construir un árbol con el módulo BioPython, Phylo.
Lo que he hecho hasta ahora es esta imagen: ??
cada nombre tiene un número de cuatro dígitos seguido de - y un número: Este número se refiere al número de veces que la secuencia está representada. Eso significa - 1578. 22, ese nodo deben representar 22sequences
el archivo con las secuencias alineadas: archivo
el archivo con la distancia a construir un árbol:
Así que ahora sabe cómo cambiar el tamaño de cada nodo. Cada nodo tiene un tamaño diferente, esto está haciendo fácil una matriz de los diferentes valores:
fh = open(MEDIA_ROOT + "groupsnp.txt")
list_size = {}
for line in fh:
if '>' in line:
labels = line.split('>')
label = labels[-1]
label = label.split()
num = line.split('-')
size = num[-1]
size = size.split()
for lab in label:
for number in size:
list_size[lab] = int(number)
a = array(list_size.values())
Sin embargo, la matriz es arbitrario, me gustaría poner el tamaño de nodo correcto en el nodo de la derecha, he intentado esto:
for elem in list_size.keys():
if labels == elem:
Phylo.draw_graphviz(tree_xml, prog="neato", node_size=a)
pero nada aparece cuando se utiliza la sentencia if.
De todos modos de hacer esto?
Realmente agradecería!
Gracias a todos
Solución
Finalmente conseguí este trabajo. La premisa básica es que usted va a utilizar el labels/nodelist
para construir su node_sizes
. De esta manera se correlacionan correctamente. Estoy seguro de que me falta algunas opciones importantes para hacer la mirada del árbol 100%, pero parece que los tamaños de nodo se muestran correctamente.
#basically a stripped down rewrite of Phylo.draw_graphviz
import networkx, pylab
from Bio import Phylo
#taken from draw_graphviz
def get_label_mapping(G, selection):
for node in G.nodes():
if (selection is None) or (node in selection):
try:
label = str(node)
if label not in (None, node.__class__.__name__):
yield (node, label)
except (LookupError, AttributeError, ValueError):
pass
kwargs={}
tree = Phylo.read('tree.dnd', 'newick')
G = Phylo.to_networkx(tree)
Gi = networkx.convert_node_labels_to_integers(G, discard_old_labels=False)
node_sizes = []
labels = dict(get_label_mapping(G, None))
kwargs['nodelist'] = labels.keys()
#create our node sizes based on our labels because the labels are used for the node_list
#this way they should be correct
for label in labels.keys():
if str(label) != "Clade":
num = label.name.split('-')
#the times 50 is just a guess on what would look best
size = int(num[-1]) * 50
node_sizes.append(size)
kwargs['node_size'] = node_sizes
posi = networkx.pygraphviz_layout(Gi, 'neato', args='')
posn = dict((n, posi[Gi.node_labels[n]]) for n in G)
networkx.draw(G, posn, labels=labels, node_color='#c0deff', **kwargs)
pylab.show()
árbol resultante