Phylo Biopython строительные деревья

Question

Я пытаюсь построить дерево с биопфом, модулем Phylo.
Что я сделал до сих пор, это изображение:

Каждое имя имеет четыре цифра, за которым следует номер, и номер: это число относится к количеству, когда представляется последовательность. Это означает 1578 - 22, этот узел должен представлять 22 воздействия.

Файл с последовательностями выровнен: файл
Файл с расстоянием, чтобы построить дерево: файл

Так что теперь я известен, как изменить каждый размер узла. Каждый узел имеет другой размер, это легко выполнять массив различных значений:

    fh = open(MEDIA_ROOT + "groupsnp.txt")    
    list_size = {}
    for line in fh:
        if '>' in line:
            labels = line.split('>')
            label = labels[-1]
            label = label.split()
            num = line.split('-')
            size = num[-1]
            size = size.split()
            for lab in label:
                for number in size:
                    list_size[lab] = int(number)

    a = array(list_size.values())

Но массив является произвольным, я хотел бы поставить правильный размер узла в правый узел, я попробовал это:

         for elem in list_size.keys():
             if labels == elem:
                 Phylo.draw_graphviz(tree_xml, prog="neato", node_size=a)

Но ничего не появляется, когда я использую заявление IF.

Во всяком случае, когда это сделать?

Я бы очень признателен!

Спасибо всем

Answer 1

Я наконец получил эту работу. Основная предпосылка заключается в том, что вы собираетесь использовать labels/nodelist построить свой node_sizes. Отказ Таким образом, они коррелируют должным образом. Я уверен, что мне не хватает некоторых важных вариантов, чтобы сделать дерево выглядеть на 100%, но оно появляется размеры узлов правильно.

#basically a stripped down rewrite of Phylo.draw_graphviz
import networkx, pylab
from Bio import Phylo


#taken from draw_graphviz
def get_label_mapping(G, selection): 
    for node in G.nodes(): 
        if (selection is None) or (node in selection): 
            try: 
                label = str(node) 
                if label not in (None, node.__class__.__name__): 
                    yield (node, label) 
            except (LookupError, AttributeError, ValueError): 
                pass


kwargs={}
tree = Phylo.read('tree.dnd', 'newick')
G = Phylo.to_networkx(tree)
Gi = networkx.convert_node_labels_to_integers(G, discard_old_labels=False)

node_sizes = []
labels = dict(get_label_mapping(G, None))
kwargs['nodelist'] = labels.keys()

#create our node sizes based on our labels because the labels are used for the node_list
#this way they should be correct
for label in labels.keys():
    if str(label) != "Clade":
        num = label.name.split('-')
        #the times 50 is just a guess on what would look best
        size = int(num[-1]) * 50
        node_sizes.append(size)

kwargs['node_size'] = node_sizes
posi = networkx.pygraphviz_layout(Gi, 'neato', args='') 
posn = dict((n, posi[Gi.node_labels[n]]) for n in G) 

networkx.draw(G, posn, labels=labels, node_color='#c0deff', **kwargs)

pylab.show()

Полученное дерево