未知的驱动程序类型“MPIO”

Question

如果有人能够指导我走向解决方案/了解以下错误消息：

f = h5py.File(filename, 'w', driver='mpio', comm=comm)
File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/h5py/_hl/files.py", line 149, in __init__
fapl = make_fapl(driver,libver,**kwds)
File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/h5py/_hl/files.py", line 37, in make_fapl
raise ValueError('Unknown driver type "%s"' % driver)
ValueError: Unknown driver type "mpio"

.

我使用ubuntu软件中心安装了h5py。（我ran h5cc -showconfig并注意到并行HDF5已启用。）

我正在使用核心2 duo运行MacBook Air，只有一个核心为Ubuntu 13.04的虚拟桌面启用了一个核心。

Answer 1

Ubuntu附带的H5py版本 not 与并行HDF5构建。这就是你不能使用MPI驱动程序的原因。您需要手动构建H5PY。最方便的方法是使用VirtualEnv环境，使并行H5PY版本不会干扰Ubuntu安装版本。你所要做的就是：

1. 从h5py.org
解压缩H5PY源代码
2. 确保您处于VirtualEnv（或者不要，如果您愿意全局安装H5PY。但是，您最好在Ubuntu中卸载H5PY）
3. $出口cc= mpicc
4. $ python setup.py build --mpi
5. $ python setup.py安装

就是这样。查看 http://docs.h5py.org/en/latest/mpi.html有关详细信息。