Tipo de driver desconhecido “mpio”

Question

Eu apreciaria se alguém pudesse me orientar em direção a uma solução/compreensão para a seguinte mensagem de erro:

f = h5py.File(filename, 'w', driver='mpio', comm=comm)
File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/h5py/_hl/files.py", line 149, in __init__
fapl = make_fapl(driver,libver,**kwds)
File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/h5py/_hl/files.py", line 37, in make_fapl
raise ValueError('Unknown driver type "%s"' % driver)
ValueError: Unknown driver type "mpio"

Eu instalei o h5py usando o centro de software do Ubuntu.(Executei h5cc -showconfig e observei que o HDF5 paralelo estava habilitado.)

Estou rodando em um macbook air com core 2 duo, com apenas um núcleo habilitado para um desktop virtual do Ubuntu 13.04.

Answer 1

A versão do H5PY que vem com o Ubuntu foi não construído contra o HDF5 paralelo.É por isso que você não pode usar o driver MPI.Você precisa construir H5py à mão.A maneira mais conveniente é usar um ambiente virtualenv, para que a versão paralela H5PY não interfira na versão instalada pelo Ubuntu.Tudo o que você precisa fazer é:

.
1. Desembale o código-fonte H5PY do H5Py.org
2. verifique se você está em um virtualenv (ou não, se preferir instalar o H5py globalmente. Mas então é melhor desinstalar o H5py no Ubuntu)
3. $ export cc= mpicc
4. $ python setup.py build --mpi
5. $ python setup.py install

é isso.Ver http://docs.h5py.org/en/latest/mpi.html<> Para detalhes.