Tipo de conductor desconocido "MPIO"

Question

Agradecería que alguien podría guiarme hacia una solución / comprensión para el siguiente mensaje de error:

f = h5py.File(filename, 'w', driver='mpio', comm=comm)
File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/h5py/_hl/files.py", line 149, in __init__
fapl = make_fapl(driver,libver,**kwds)
File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/h5py/_hl/files.py", line 37, in make_fapl
raise ValueError('Unknown driver type "%s"' % driver)
ValueError: Unknown driver type "mpio"

He instalado H5PY utilizando el Centro de Software Ubuntu.(Corrí H5CC -ShowConfig y señaló que se habilitaba HDF5 paralelo).

Estoy ejecutando en un MacBook Air con Core 2 Duo, con un solo centro habilitado para un escritorio virtual de Ubuntu 13.04.

Answer 1

La versión de H5PY que viene con Ubuntu fue no construida contra HDF5 paralelo.Es por eso que no puedes usar el controlador de MPI.Necesitas construir H5PY a mano.La forma más conveniente es usar un entorno VirtualEnv, de modo que la versión paralela H5PY no interfiera con la versión instalada en Ubuntu.Todo lo que tienes que hacer es:

1. Desembale el código fuente H5PY de H5PY.ORG
2. Asegúrese de estar en un VirtualEnv (o no, si prefiere instalar H5PY a nivel mundial. Pero entonces es mejor que desinstale H5PY en Ubuntu)
3. $ Export CC= MPICC
4. $ Python Setup.py Build --mpi
5. $ Python Setup.py install

Eso es todo.Consulte http://docs.h5py.org/en/latest/mpi.html Para más detalles.