Type de pilote inconnu "MPIO"

Question

J'apprécierais que quelqu'un puisse me guider vers une solution / compréhension pour le message d'erreur suivant:

f = h5py.File(filename, 'w', driver='mpio', comm=comm)
File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/h5py/_hl/files.py", line 149, in __init__
fapl = make_fapl(driver,libver,**kwds)
File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/h5py/_hl/files.py", line 37, in make_fapl
raise ValueError('Unknown driver type "%s"' % driver)
ValueError: Unknown driver type "mpio"

J'ai installé H5py à l'aide du centre logiciel Ubuntu.(J'ai rencontré H5CC -ShowConfig et a noté que le HDF5 parallèle a été activé.)

Je suis en cours d'exécution sur un macbook Air avec Core 2 Duo, avec un seul noyau activé pour un bureau virtuel de Ubuntu 13.04.

Answer 1

La version de H5py qui vient avec Ubuntu était pas construite contre Parallel HDF5.C'est pourquoi vous ne pouvez pas utiliser le pilote MPI.Vous devez construire H5py à la main.La manière la plus pratique consiste à utiliser un environnement Virtualenv, de sorte que la version parallèle H5PY n'interfère pas avec la version Ubuntu installée.Tout ce que vous avez à faire est:

1. Déballez le code source H5py de H5py.org
2. Assurez-vous que vous êtes dans un virtualenv (ou non, si vous préférez installer H5py globalement. Mais vous ferez mieux de désinstaller H5py à Ubuntu)
3. $ export cc= mpicc
4. $ python setup.py build --mpi
5. $ python setup.py installer

C'est ça.Voir http://docs.h5py.org/en/latest/mpi.htmlled/a> Pour plus de détails.