Tipo di guida sconosciuto "MPIO"

Question

Apprezzerei se qualcuno potesse guidarmi verso una soluzione / comprensione per il seguente messaggio di errore:

f = h5py.File(filename, 'w', driver='mpio', comm=comm)
File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/h5py/_hl/files.py", line 149, in __init__
fapl = make_fapl(driver,libver,**kwds)
File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/h5py/_hl/files.py", line 37, in make_fapl
raise ValueError('Unknown driver type "%s"' % driver)
ValueError: Unknown driver type "mpio"

.

Ho installato H5PY utilizzando il centro software Ubuntu.(Ho corso H5CC -Showconfig e ho notato che parallelo HDF5 è stato abilitato.)

Sono in esecuzione su un MacBook Air con Core 2 Duo, con un solo nucleo abilitato per un desktop virtuale di Ubuntu 13.04.

Answer 1

La versione di H5PY che viene fornita con Ubuntu era non costruita contro Parallel HDF5.Ecco perché non puoi usare il driver MPI.Devi costruire h5py a mano.Il modo più conveniente è utilizzare un ambiente VirtualVENV, in modo che la versione parallela H5PY non interferisca con la versione installata da Ubuntu.Tutto quello che devi fare è:

.
1. Disimballa il codice sorgente h5py da h5py.org
2. Assicurati di essere in un virtualv (o non farlo, se preferisci installare H5PY a livello globale. Ma allora è meglio disinstallare H5py in Ubuntu)
3. $ export cc= mpicc
4. $ Python Setup.py build --MPI
5. $ Python Setup.py install

È così.Vedi http://docs.h5py.org/en/latest/mpi.html Per i dettagli.