Pregunta de la base de datos de genes NCBI

Question

Estoy tratando de encontrar el archivo Gene_info con nombres genenados y ubicación cromosómica. Sin embargo, parece que no puedo localizarlo en el sitio NCBI FTP. ¿Alguien puede darme un puntero?

Answer 1

Ver: ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/data/readme Para obtener detalles de lo que hay en qué archivos en el sitio NCBI FTP.

Si desea obtener los datos de NCBI en sí, deberá combinar múltiples archivos, probablemente un Gene2Accession (que también incluye información de posición) y un archivo Gene_info que mapea las ID a símbolos y nombres, etc.

Probablemente sea más conveniente ir al sitio de UCSC para esta información, también proporcionan una base de datos pública de MySQL si desea explorar lo que está disponible:http://workshops.arl.arizona.edu/sql1/sql_workshop/mysql/mysqlclient.html

Si solo desea datos humanos, de ratón o rata, entonces el Base de datos del genoma de ratas ya ha compilado los datos que desea (recién salidos de las fuentes NCBI y EnsemBL):ftp://rgd.mcw.edu/pub/data_release

Por ejemplo, para ver los datos humanos: ftp://rgd.mcw.edu/pub/data_release/genes_human.txt