question de la base de données de gènes NCBI

Question

Je suis en train de trouver gene_info fichier avec genenames et emplacement chromosomique. Cependant, je ne peux pas sembler le trouver sur le site NCBI FTP. Quelqu'un peut-il me donner un pointeur?

Answer 1

Voir: ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/ gène / DATA / README pour plus de détails sur ce qui est dans ce que les fichiers sur le site du NCBI.

Si vous souhaitez obtenir les données de NCBI lui-même, vous devrez combiner plusieurs fichiers, probablement un gene2accession (qui comprend également des informations de position) et un fichier gene_info qui mappe ids à des symboles et des noms, etc.

Il est probablement plus facile d'aller sur le site UCSC pour cette information, ils fournissent également une base de données mysql public si vous voulez explorer ce qui est disponible: http://workshops.arl.arizona.edu/sql1/sql_workshop/mysql /mysqlclient.html

Si vous voulez juste l'homme, les données de souris ou de rat, puis le Rat Genome Base de données a déjà compilé les données que vous souhaitez (frais à partir des sources NCBI et Ensembl): ftp://rgd.mcw.edu/pub/data_release

par exemple. pour les données humaines regarder: ftp://rgd.mcw.edu/pub/data_release/GENES_HUMAN txt