NCBI遺伝子データベースの質問

Question

GenENAMEと染色体の位置を備えたGENE_INFOファイルを見つけようとしています。ただし、NCBI FTPサイトで見つけることはできないようです。誰かが私にポインターを与えることができますか？

Answer 1

見る： ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/data/readme NCBI FTPサイトのファイルにあるものの詳細については。

NCBI自体からデータを取得する場合は、複数のファイル（おそらくGene2Accession（位置情報も含まれます）と、IDを記号や名前などにマップするGENE_INFOファイル）を組み合わせる必要があります。

この情報のためにUCSCサイトにアクセスする方がおそらくより便利です。また、利用可能なものを調べたい場合は、公開MYSQLデータベースも提供します。http://workshops.arl.arizona.edu/sql1/sql_workshop/mysql/mysqlclient.html

人間、マウス、またはラットのデータが必要な場合は、 ラットゲノムデータベース 既にあなたが望むデータをコンパイルしています（NCBIおよびEnsemblソースから新鮮）：ftp://rgd.mcw.edu/pub/data_release

たとえば、人間のデータを見てください： ftp://rgd.mcw.edu/pub/data_release/genes_human.txt