質問
GenENAMEと染色体の位置を備えたGENE_INFOファイルを見つけようとしています。ただし、NCBI FTPサイトで見つけることはできないようです。誰かが私にポインターを与えることができますか?
解決
見る: ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/data/readme NCBI FTPサイトのファイルにあるものの詳細については。
NCBI自体からデータを取得する場合は、複数のファイル(おそらくGene2Accession(位置情報も含まれます)と、IDを記号や名前などにマップするGENE_INFOファイル)を組み合わせる必要があります。
この情報のためにUCSCサイトにアクセスする方がおそらくより便利です。また、利用可能なものを調べたい場合は、公開MYSQLデータベースも提供します。http://workshops.arl.arizona.edu/sql1/sql_workshop/mysql/mysqlclient.html
人間、マウス、またはラットのデータが必要な場合は、 ラットゲノムデータベース 既にあなたが望むデータをコンパイルしています(NCBIおよびEnsemblソースから新鮮):ftp://rgd.mcw.edu/pub/data_release
たとえば、人間のデータを見てください: ftp://rgd.mcw.edu/pub/data_release/genes_human.txt
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