Вопрос базы данных генов NCBI

Question

Я пытаюсь найти файл gene_info с гено -именами и хромосомным местоположением. Тем не менее, я не могу найти его на сайте NCBI FTP. Кто -нибудь может дать мне указатель?

Answer 1

Видеть: ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/data/readme Для получения подробной информации о том, какие файлы на сайте NCBI FTP.

Если вы хотите получить данные из самого NCBI, вам нужно будет объединить несколько файлов, вероятно, Gene2accession (который также включает информацию о позиции) и файл Gene_info, который отображает идентификаторы символам, именам и т. Д.

Вероятно, удобнее перейти на сайт UCSC для этой информации, они также предоставляют общественную базу данных MySQL, если вы хотите изучить, что доступно:http://workshops.arl.arizona.edu/sql1/sql_workshop/mysql/mysqlclient.html

Если вам просто нужны данные о человеке, мыши или крысе, то База данных генома крысы уже собрал нужные данные (только что из источников NCBI и Ensembl):ftp://rgd.mcw.edu/pub/data_release

Например, для человеческих данных. Посмотрите на: ftp://rgd.mcw.edu/pub/data_release/genes_human.txt