Ok, je me sens comme un cancre - aurait dû trouver le modèle plus tôt.
Il y avait du code dans le pied de page qui a ajouté WMODE = transparent à tous les fichiers SRC - il n'a ajouté aucune question qui existait, elle les a simplement remplacées par une nouvelle chaîne de requête.
J'ai supprimé ce code, et tout fonctionne maintenant.