Ok, mi sento come un Dunce, avrebbe dovuto trovare il modello prima.
C'era un po 'di codice nel piè di pagina che ha aggiunto WMODE = trasparente a tutti i file SRC: non ha aggiunto alcuna query esistenti, li ha appena sostituiti con una nuova stringa di query.
Ho rimosso quel codice e ora tutto funziona.