キャレットの列車の並列実行は機能しない機能で失敗します

StackOverflow https://stackoverflow.com//questions/21029019

  •  21-12-2019
  •  | 
  •  

質問

昨日私は私のRパッケージを更新し、それ以来列車機能の並列実行は失敗します。

労働者内から呼ばれるいくつかの機能が利用できないようです。これらの機能は少なくとも平坦で確実な機能です。

私は私の生産機械でこの問題を経験し、そしてきれいな窓7 x 64 Vmで再現することができました。

私は以下の実施例を最小限に添加した。StackOverflowの親愛なるユーザー：あらゆる助けが高く評価されています！

# R 3.0.2 x64, RStudio Version 0.98.490, Windows 7 x64

data(iris)
library(caret) # 6.0-21
library(doParallel) # 1.0.6

model <- "rf"

# Fail
?probFunction
?flatTable

fitControl <- trainControl(
  method = "repeatedcv"
  , number = 5  ## 5-fold CV
  , repeats = 1   ## repeated one times
  , verboseIter =TRUE
)

#### Sequential Version ####

# Runs
train(Species ~ ., data = iris, method = model, trControl = fitControl)

#### Parallelized version ####

# Fails with 
# Error in e$fun(obj, substitute(ex), parent.frame(), e$data) : 
#  worker initialization failed: Error in eval(expr, envir, enclos): could not find function "flatTable"
cl <- makeCluster(3)
registerDoParallel(cl)

train(Species ~ ., data = iris, method = model, trControl = fitControl)

stopCluster(cl)

# Fails with 
# Error in { : task 1 failed - "could not find function "probFunction""
fitControl <- trainControl(
  method = "repeatedcv"
  , number = 5  ## 5-fold CV
  , repeats = 1   ## repeated one times
  , verboseIter =TRUE
  , classProbs = TRUE
)

cl <- makeCluster(3)
registerDoParallel(cl)

train(Species ~ ., data = iris, method = model, trControl = fitControl)

stopCluster(cl)

#### Again sequential version ####

# Fails with
# Error in summary.connection(connection) : invalid connection
train(Species ~ ., data = iris, method = model, trControl = fitControl)
.

rセッション情報

R version 3.0.2 (2013-09-25)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)

locale:
[1] LC_COLLATE=German_Germany.1252  LC_CTYPE=German_Germany.1252    LC_MONETARY=German_Germany.1252
[4] LC_NUMERIC=C                    LC_TIME=German_Germany.1252   

attached base packages:
[1] parallel  stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base    

other attached packages:
[1] e1071_1.6-1        class_7.3-9        randomForest_4.6-7 doParallel_1.0.6   iterators_1.0.6  
[6] foreach_1.4.1      caret_6.0-21       ggplot2_0.9.3.1    lattice_0.20-23  

loaded via a namespace (and not attached):
[1] car_2.0-19         codetools_0.2-8    colorspace_1.2-4   compiler_3.0.2     dichromat_2.0-0  
 [6] digest_0.6.4       grid_3.0.2         gtable_0.1.2       labeling_0.2       MASS_7.3-29      
[11] munsell_0.4.2      nnet_7.3-7         plyr_1.8           proto_0.3-10       RColorBrewer_1.0-5
[16] reshape2_1.2.2     scales_0.2.3       stringr_0.6.2      tools_3.0.2
.

役に立ちましたか？

解決

Doparallel、DoSnow、Dompiを使用する場合は、キャレット6.0-21のバグが原因で発生するエラーが発生します。R-Forgeのバージョン6.0-22で修正されていますが、まだCRANにリリースされていません。新しいバージョンをリリースするのを待ったくない場合は、次のことができます。

  1. キャレット5.x
    2. へのダウングレード
  2. R-Forge
    3. からキャレット6.0-22をインストールする
  3. DoparallelではなくR-ForgeからDOSNOW 1.0.10をインストールして使用します。

    4. 問題は、e:::演算子の使用を行うことができ、エクスポートされていない関数を同じパッケージ内から参照しても、

    更新

    キャレット6.0-22は2014-01-18でCRANにリリースされました。これにより、DOSNOWと同様の並行バックエンドを使用してキャレットを使用して報告された問題を解決する必要があります。

ライセンス： CC-BY-SA と 帰属
所属していません StackOverflow
scroll top