함수를 찾을 수 없어 캐럿 내 열차의 병렬 실행이 실패합니다.

Question

어제 R 패키지를 업데이트했는데 그 이후로 열차 기능의 병렬 실행이 실패했습니다.

워커 내에서 호출되는 일부 기능을 사용할 수 없는 것 같습니다.이러한 함수는 최소한 flatTable 및 probFunction입니다.

프로덕션 컴퓨터에서 이 문제가 발생했으며 깨끗한 Windows 7 x64 VM에서 이 문제를 재현할 수 있었습니다.

아래에 최소한의 작업 예제를 추가했습니다.친애하는 stackoverflow 사용자 여러분:도움을 주시면 감사하겠습니다!

# R 3.0.2 x64, RStudio Version 0.98.490, Windows 7 x64

data(iris)
library(caret) # 6.0-21
library(doParallel) # 1.0.6

model <- "rf"

# Fail
?probFunction
?flatTable

fitControl <- trainControl(
  method = "repeatedcv"
  , number = 5  ## 5-fold CV
  , repeats = 1   ## repeated one times
  , verboseIter =TRUE
)

#### Sequential Version ####

# Runs
train(Species ~ ., data = iris, method = model, trControl = fitControl)

#### Parallelized version ####

# Fails with 
# Error in e$fun(obj, substitute(ex), parent.frame(), e$data) : 
#  worker initialization failed: Error in eval(expr, envir, enclos): could not find function "flatTable"
cl <- makeCluster(3)
registerDoParallel(cl)

train(Species ~ ., data = iris, method = model, trControl = fitControl)

stopCluster(cl)

# Fails with 
# Error in { : task 1 failed - "could not find function "probFunction""
fitControl <- trainControl(
  method = "repeatedcv"
  , number = 5  ## 5-fold CV
  , repeats = 1   ## repeated one times
  , verboseIter =TRUE
  , classProbs = TRUE
)

cl <- makeCluster(3)
registerDoParallel(cl)

train(Species ~ ., data = iris, method = model, trControl = fitControl)

stopCluster(cl)

#### Again sequential version ####

# Fails with
# Error in summary.connection(connection) : invalid connection
train(Species ~ ., data = iris, method = model, trControl = fitControl)

R 세션 정보

R version 3.0.2 (2013-09-25)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)

locale:
[1] LC_COLLATE=German_Germany.1252  LC_CTYPE=German_Germany.1252    LC_MONETARY=German_Germany.1252
[4] LC_NUMERIC=C                    LC_TIME=German_Germany.1252   

attached base packages:
[1] parallel  stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base    

other attached packages:
[1] e1071_1.6-1        class_7.3-9        randomForest_4.6-7 doParallel_1.0.6   iterators_1.0.6  
[6] foreach_1.4.1      caret_6.0-21       ggplot2_0.9.3.1    lattice_0.20-23  

loaded via a namespace (and not attached):
[1] car_2.0-19         codetools_0.2-8    colorspace_1.2-4   compiler_3.0.2     dichromat_2.0-0  
 [6] digest_0.6.4       grid_3.0.2         gtable_0.1.2       labeling_0.2       MASS_7.3-29      
[11] munsell_0.4.2      nnet_7.3-7         plyr_1.8           proto_0.3-10       RColorBrewer_1.0-5
[16] reshape2_1.2.2     scales_0.2.3       stringr_0.6.2      tools_3.0.2      

Answer 1

발생하는 오류는 doParallel, doSNOW 및 doMPI를 사용할 때 캐럿 6.0-21의 버그로 인해 발생합니다.R-forge의 버전 6.0-22에서 수정되었지만 아직 CRAN에는 출시되지 않았습니다.새 버전이 출시될 때까지 기다리지 않으려면 다음을 수행할 수 있습니다.

1. 캐럿 5.x로 다운그레이드
2. R-forge에서 캐럿 6.0-22 설치
3. doParallel 대신 R-forge에서 doSNOW 1.0.10을 설치하고 사용하십시오.

이 문제는 CRAN 정책의 변경으로 인해 발생했습니다. ::: 동일한 패키지 내에서 내보내지 않은 함수를 참조하는 경우에도 마찬가지입니다.

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업데이트

Caret 6.0-22는 2014년 1월 18일에 CRAN에 출시되었습니다.이렇게 하면 doSNOW 및 유사한 병렬 백엔드와 함께 캐럿을 사용하여 보고된 문제가 해결됩니다.