Неизвестный тип драйвера "MPIO"

Question

Я был бы признателен, если бы кто-нибудь мог бы направить меня к решению / пониманию для следующего сообщения об ошибке:

f = h5py.File(filename, 'w', driver='mpio', comm=comm)
File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/h5py/_hl/files.py", line 149, in __init__
fapl = make_fapl(driver,libver,**kwds)
File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/h5py/_hl/files.py", line 37, in make_fapl
raise ValueError('Unknown driver type "%s"' % driver)
ValueError: Unknown driver type "mpio"

.

Я установил H5PY, используя программный центр Ubuntu.(Я RAN H5CC -Showconfig и отметил, что параллельный HDF5 был включен.)

Я работаю на MacBook Air с Core 2 Duo, только с одним ядром включен для виртуального рабочего стола Ubuntu 13.04.

Answer 1

Версия H5PY, которая поставляется с Ubuntu, была не построена против параллельного hdf5.Вот почему вы не можете использовать драйвер MPI.Вам нужно построить H5PY вручную.Самым удобным способом является использование среды VirtualenV, так что параллельная версия H5PY не вмешивается в версию установленной Ubuntu.Все, что вам нужно сделать:

1. Распаковать исходный код H5PY из h5py.org
2. Убедитесь, что вы находитесь в виртуалене (или нет, если вы предпочитаете устанавливать H5PY во всем мире. Но тогда вам лучше удалить H5PY в Ubuntu)
3. $ export cc= mpicc
4. $ python setup.py build --mpi
5. $ python setup.py установить

Вот это.Смотрите http://docs.h5py.org/en/latest/mpi.html Для деталей.