R：易于得到安装r-cran-foo与安装。包("foo")

StackOverflow https://stackoverflow.com/questions/2170043

  •  24-09-2019
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题

在安装R包(说 mcmcpack 在这个例子)下Ubuntu我们之间的选择以下两种方法的安装：

# Let the distribution's packaging system take care of installation/upgrades
apt-get install r-cran-mcmcpack

# Let R take care of installation/upgrades
install.packages("mcmcpack")

问题：

  • 是的两种方式的任何安装R包认为"最佳做法"?
  • 假设我第一次 install.packages("mcmcpack") 和之后 apt-get install r-cran-mcmcpack -我应该想到的麻烦?
  • 假设我第一次 apt-get install r-cran-mcmcpack 和之后 install.packages("mcmcpack") -我应该想到的麻烦?
有帮助吗？

解决方案

这是不容易的，因为它似乎。

  • apt-get update 是好的，如果和当

    • 软件包的存在--但只有大约150个或所以 r-cran-* 软件包的一个游泳池的2100+包CRAN，因此而疏复盖范围

    • 软件包的维护，免费的错误和当前的

    • 你很高兴与两年一度的发布通过Ubuntu

  • install.packages() 和之后 update.packages() 是好的，如果和当

    • 你知道什么需要已经建立时依存关系(不管 r-base-dev)安装

    • 你不介意的运行 update.packages() 通过手以及 apt-get 更新。

在我Ubuntu机在工作中，我去用第二个解决方案。但是，因为第一个是更好的 如果你有足够的复盖范围, 我们已经建立 cran2deb 它提供了2050年+二deb包amd64和i386---但仅限于Debian测试。这是我的在家中使用。

至于最后一个问题你是否'你应该想到的麻烦':没有，因为 R_LIBS_SITE 被设置在 /etc/R/Renvironment 要 

# edd Apr 2003  Allow local install in /usr/local, also add a directory for
#               Debian packaged CRAN packages, and finally the default dir 
# edd Jul 2007  Now use R_LIBS_SITE, not R_LIBS
R_LIBS_SITE=${R_LIBS_SITE-'/usr/local/lib/R/site-library:\
/usr/lib/R/site-library:/usr/lib/R/library'}

这意味着 你的 软件包进去 /usr/local/lib/R/site-library 而那些管理 apt 去 /usr/lib/R/site-library 和(情况下的基本软件包) /usr/lib/R/library.

希望澄清的事项。R-sig-debian邮件列表是一个更为知情的地方的问题，如此。

其他提示

  • 我会考虑使用 apt-get 最好的做法，因为你会得到自动更新通过的标准的系统工具。

  • 有2个版本的安装可能会让你陷入混乱的情况：这取决于你R安装你可以载的另一揽子版本，然后你的期望-你的私人(也许已经过时)应该在一般将载入第一次。

  • 参见上文。

许可以下： CC-BY-SA 和 归因
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