R: apt-get install r-cran-foo vs install.packages ( “foo”)

Question

Cuando la instalación de paquetes R (mcmcpack por ejemplo en este ejemplo) bajo Ubuntu tengo la elección entre los dos métodos siguientes de la instalación:

# Let the distribution's packaging system take care of installation/upgrades
apt-get install r-cran-mcmcpack

# Let R take care of installation/upgrades
install.packages("mcmcpack")

Preguntas:

• ¿Es cualquiera de las dos formas de instalar paquetes de R considerados "mejores prácticas"?
• Se supone que por primera vez install.packages("mcmcpack") y más tarde apt-get install r-cran-mcmcpack - debería esperar problemas
• Se supone que por primera vez apt-get install r-cran-mcmcpack y más tarde install.packages("mcmcpack") - debería esperar problemas

Answer 1

No es tan fácil como parece.

• apt-get update es bueno, siempre y cuando

  • existen

    paquetes - pero sólo hay alrededor de 150 o más paquetes r-cran-* fuera de un grupo de paquetes en 2100+ CRAN, la cobertura de manera más bien escasa

  • paquetes se mantienen, libre de errores y actual

  • usted es lo suficientemente contento con los lanzamientos bianuales de Ubuntu

• install.packages() y más tarde update.packages() es bueno, siempre y cuando

  • sabes lo que se necesita para tener dependencias en tiempo de construcción (además r-base-dev) instalado

  • no le importa correr update.packages() a mano, así como las actualizaciones apt-get.

En mi máquina de Ubuntu en el trabajo, voy con la segunda solución. Pero debido a que el primero es mejor si tiene suficiente cobertura , hemos construido < strong> cran2deb que proporciona 2050+ paquetes deb binarios para amd64 e i386 --- pero sólo para las pruebas de Debian. Eso es lo que uso en casa.

En cuanto a la última pregunta de si 'que debe esperar problemas': No, porque R_LIBS_SITE se encuentra en /etc/R/Renvironment sea

# edd Apr 2003  Allow local install in /usr/local, also add a directory for
#               Debian packaged CRAN packages, and finally the default dir 
# edd Jul 2007  Now use R_LIBS_SITE, not R_LIBS
R_LIBS_SITE=${R_LIBS_SITE-'/usr/local/lib/R/site-library:\
/usr/lib/R/site-library:/usr/lib/R/library'}

Lo que significa que su paquetes entran en /usr/local/lib/R/site-library mientras que los gestionados por ir apt en /usr/lib/R/site-library y (en el caso de envases de bases) /usr/lib/R/library.

La esperanza que clarifica asuntos. La lista de correo r-sig-debian es un lugar más informado para este tipo de preguntas.

Answer 2

• Me considerar el uso de las mejores prácticas apt-get ya que recibirá actualizaciones automáticas a través de las herramientas del sistema estándar.

• Tener 2 versiones instaladas podrían obtener en confundir situaciones:. Dependiendo de su configuración R se podía cargar otra versión del paquete entonces se puede esperar - su privada (tal vez obsoleta) uno debe de ser, en general carga por primera vez

• Consulte más arriba.