R: apt-get r-cran-foo vs. install.packages ( „foo“) installieren

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  •  24-09-2019
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Frage

Wenn R Pakete zu installieren (zum Beispiel mcmcpack in diesem Beispiel) unter Ubuntu habe ich die Wahl zwischen den folgenden zwei Methoden der Installation: 

# Let the distribution's packaging system take care of installation/upgrades
apt-get install r-cran-mcmcpack

# Let R take care of installation/upgrades
install.packages("mcmcpack")

Fragen:

  • Ist eine der beiden Möglichkeiten von R-Pakete zu installieren als "best practice"?
  • Nehmen wir an, ich zum ersten Mal install.packages("mcmcpack") und später apt-get install r-cran-mcmcpack - sollte ich Probleme erwarten
  • Nehmen wir an, ich zum ersten Mal apt-get install r-cran-mcmcpack und später install.packages("mcmcpack") - sollte ich Probleme erwarten
War es hilfreich?

Lösung

Es ist nicht so einfach wie es scheint.

  • apt-get update ist gut, wenn und wenn

    • Pakete existieren - aber es gibt nur etwa 150 oder so r-cran-* Pakete aus einem Pool von 2100+ Paketen auf CRAN, also eher spärliche Berichterstattung

    • Pakete beibehalten werden, fehlerfrei und Strom

    • Sie sind glücklich genug, um mit den halbjährlichen Versionen von Ubuntu

  • install.packages() und später update.packages() ist gut, wenn und wenn

    • Sie wissen, was es braucht, integrierte Zeitabhängigkeiten zu haben (außer r-base-dev) installiert

    • Sie nichts dagegen haben, sowie die update.packages() Updates apt-get von Hand ausgeführt wird.

Auf meinem Ubuntu-Rechner bei der Arbeit, gehe ich mit der zweiten Lösung. Aber weil die erste besser ist , wenn Sie genügend Deckung haben haben wir gebaut < strong> cran2deb die 2050+ binäre deb-Pakete für amd64 und i386 --- aber nur für Debian Testing zur Verfügung stellt. Das ist, was ich zu Hause.

Wie für letzte Frage, ob Sie ‚sollten Sie Probleme erwarten‘: Nein, denn R_LIBS_SITE in /etc/R/Renvironment gesetzt

sein 
# edd Apr 2003  Allow local install in /usr/local, also add a directory for
#               Debian packaged CRAN packages, and finally the default dir 
# edd Jul 2007  Now use R_LIBS_SITE, not R_LIBS
R_LIBS_SITE=${R_LIBS_SITE-'/usr/local/lib/R/site-library:\
/usr/lib/R/site-library:/usr/lib/R/library'}

Das bedeutet, dass Ihre Pakete gehen in /usr/local/lib/R/site-library während diejenigen von apt gehen in /usr/lib/R/site-library verwaltet und (im Falle der Basispakete) /usr/lib/R/library.

Hoffnung, dass stellt klar Angelegenheiten. Die r-sig-debian-Mailingliste ist ein fundiertere Ort für Fragen wie diese.

Andere Tipps

  • würde ich mit apt-get bester Praxis betrachten, da Sie automatisches Updates über die Standard-System-Tools bekommen.

  • Mit 2 Versionen installiert könnten Sie in bekommen Situationen verwirrend. Je nach R-Setup Sie eine andere Paketversion laden könnte dann Sie erwarten - private (vielleicht veraltet) eine im Allgemeinen sein sollte zuerst geladen

  • Siehe oben.

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