R: apt-get install-r Cran-foo par rapport à install.packages ( « foo »)

StackOverflow https://stackoverflow.com/questions/2170043

  •  24-09-2019
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Question

Lors de l'installation des packages R (par exemple mcmcpack dans cet exemple) sous Ubuntu j'ai le choix entre les deux méthodes d'installation suivantes: 

# Let the distribution's packaging system take care of installation/upgrades
apt-get install r-cran-mcmcpack

# Let R take care of installation/upgrades
install.packages("mcmcpack")

Questions:

  • Est-ce l'une des deux façons d'installer des paquets R considérés comme « meilleures pratiques »?
  • On suppose que je suis install.packages("mcmcpack") et plus tard apt-get install r-cran-mcmcpack - dois-je attendre du mal à
    • ?
  • On suppose que je suis apt-get install r-cran-mcmcpack et plus tard install.packages("mcmcpack") - dois-je attendre du mal à
    • ?
Était-ce utile?

La solution

Il est pas aussi facile qu'il y paraît.

  • apt-get update est bon si et quand

    • paquets existent - mais il y a seulement environ 150 ou si les paquets r-cran-* d'un pool de paquets sur 2100+ CRAN, la couverture donc plutôt rares

    • paquets sont maintenus, libre et courant bug

    • vous êtes assez heureux avec les versions bi-annuelles par Ubuntu

  • install.packages() et update.packages() plus tard est bon si et quand

    • vous savez ce qu'il faut pour avoir des dépendances à temps construit (en plus r-base-dev) installé

    • ne vous dérange pas en cours d'exécution update.packages() à la main, ainsi que les mises à jour apt-get.

Sur ma machine Ubuntu au travail, je vais avec la deuxième solution. Mais parce que le premier est mieux si vous avez une couverture suffisante , nous avons construit < strong> cran2deb qui fournit 2050+ paquets deb binaires pour amd64 et i386 --- mais seulement pour les tests Debian. Voilà ce que je l'utilise à la maison.

Quant à la dernière question de savoir si vous « devez vous attendre à des problèmes »: Non, parce que R_LIBS_SITE est situé dans /etc/R/Renvironment être 

# edd Apr 2003  Allow local install in /usr/local, also add a directory for
#               Debian packaged CRAN packages, and finally the default dir 
# edd Jul 2007  Now use R_LIBS_SITE, not R_LIBS
R_LIBS_SITE=${R_LIBS_SITE-'/usr/local/lib/R/site-library:\
/usr/lib/R/site-library:/usr/lib/R/library'}

ce qui signifie que votre paquets vont dans /usr/local/lib/R/site-library alors que ceux gérés par apt aller dans /usr/lib/R/site-library et (dans le cas des paquets de base) /usr/lib/R/library.

L'espoir qui clarifie les choses. La liste de diffusion r-sig-debian est un endroit plus éclairé pour des questions comme celle-ci.

Autres conseils

  • J'envisager d'utiliser les meilleures pratiques apt-get puisque vous obtiendrez des mises à jour automatiques via les outils standard du système.

  • Avoir 2 versions installées pourrait vous mettre dans des situations confuses. En fonction de votre configuration R, vous pouvez charger une autre version de paquet, vous attendez - votre privé (peut-être pas à jour) on devrait en général être chargé en premier

  • Voir ci-dessus.

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