R:apt-get install r-cran-foo とinstall.packages(“foo”)

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  •  24-09-2019
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質問

R パッケージをインストールするとき (たとえば、 mcmcpack この例では) Ubuntu では、次の 2 つのインストール方法から選択できます。

# Let the distribution's packaging system take care of installation/upgrades
apt-get install r-cran-mcmcpack

# Let R take care of installation/upgrades
install.packages("mcmcpack")

質問:

  • R パッケージをインストールする 2 つの方法のいずれかが「ベスト プラクティス」とみなされますか?
  • 私が最初だと仮定します install.packages("mcmcpack") そしてその後 apt-get install r-cran-mcmcpack - トラブルを予期すべきでしょうか？
  • 私が最初だと仮定します apt-get install r-cran-mcmcpack そしてその後 install.packages("mcmcpack") - トラブルを予期すべきでしょうか？
役に立ちましたか？

解決

それは思っているほど簡単ではありません。

  • apt-get update いつでもいいです

    • パッケージは存在しますが、約 150 程度しかありません r-cran-* CRAN 上の 2100 以上のパッケージのプールからのパッケージなので、カバレッジはかなりまばらです

    • パッケージはメンテナンスされており、バグがなく、最新のものです

    • Ubuntu による半年ごとのリリースに十分満足している

  • install.packages() 以降 update.packages() いつでもいいです

    • ビルド時の依存関係を維持するには何が必要かを知っています (加えて、 r-base-dev) がインストールされています

    • 走っても構いません update.packages() 手でも同様に apt-get 更新情報。

職場の Ubuntu マシンでは、2 番目の解決策を採用しています。でも最初のほうがいいから 十分なカバー力がある場合, 、私たちは構築しました クラン2デブ これは、amd64 および i386 用の 2050 以上のバイナリ deb パッケージを提供します --- ただし、Debian テストのみを対象としています。それが私が家で使っているものです。

「トラブルが予想されるべきか」という最後の質問については、次のようになります。いや、だって R_LIBS_SITE に設定されています /etc/R/Renvironment することが 

# edd Apr 2003  Allow local install in /usr/local, also add a directory for
#               Debian packaged CRAN packages, and finally the default dir 
# edd Jul 2007  Now use R_LIBS_SITE, not R_LIBS
R_LIBS_SITE=${R_LIBS_SITE-'/usr/local/lib/R/site-library:\
/usr/lib/R/site-library:/usr/lib/R/library'}

つまりそれは あなたの パッケージは入ります /usr/local/lib/R/site-library 一方、管理されているものは apt に入る /usr/lib/R/site-library および (基本パッケージの場合) /usr/lib/R/library.

それが問題を明確にすることを願っています。r-sig-debian メーリング リストは、このような質問に対してより情報が豊富な場所です。

他のヒント

  • 使用を検討します apt-get 標準のシステム ツールを通じて自動更新が行われるため、ベスト プラクティスを使用してください。

  • 2 つのバージョンがインストールされていると、混乱する状況に陥る可能性があります。R の設定によっては、期待どおりに別のパッケージ バージョンをロードすることもできます。通常、プライベート (おそらく古い) バージョンが最初にロードされるはずです。

  • 上記を参照。

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