So färben Sie Code-Streuung von PCOA

Question

Also bin ich neu dabei. Ich muss PCOA auf der folgenden Datenmatrix ausführen. Ich kann meine Analysen mit ADE4, Labdsv, Ginko und Aabel Software ausführen. Was stört mich, wie man die Etiketten im Streudiagramm codiert. Meine Matrix ist eine Vorhandensein/Abwesenheitsmatrix in der Reihenfolge:

SpecieName Value1 Value2
A1         0      1
A2         1      1
A3         1      1
B1         0      0
B2         0      1
E1         1      0
E2         0      0

Was ich möchte, ist zu repräsentieren A1, A2, und A3 in rot, B1 und B2 in blau und all das E die in Schwarz. Jede Hilfe wird geschätzt.

Answer 1

Geben Sie einfach einen Faktor über, der diese Gruppen zum Befehl Ploting bezeichnet:

data = read.table('data.txt', header=T)

data.pca = prcomp(data[,-1])

groups = factor(gsub('(.).', '\\1', data$SpecieName))

plot(data.pca$x, col=groups)

Auch wenn Sie einstellen möchten Spezifisch Farben können Sie immer in eine benutzerdefinierte Liste auf die gleiche Weise indexieren:

cols = c('red', 'blue', 'black')[groups]
plot(data.pca$x, col=cols)