Come colorare il codice a dispersione del codice di PCOA

Question

Quindi sono nuovo in questo. Devo eseguire PCOA sulla seguente matrice di dati. Sono in grado di eseguire le mie analisi usando ADE4, Labdsv, Ginko, Aabel Softwares. Ciò che mi dà fastidio è come colorare le etichette nella trama a dispersione. La mia matrice è una matrice di presenza/assenza nell'ordine:

SpecieName Value1 Value2
A1         0      1
A2         1      1
A3         1      1
B1         0      0
B2         0      1
E1         1      0
E2         0      0

Quello che voglio è rappresentare A1, A2, e A3 in rosso, B1 e B2 in blu e tutto il E quelli in nero. Qualsiasi aiuto sarà apprezzato.

Answer 1

Basta passare in un fattore che indica questi gruppi al comando di trama:

data = read.table('data.txt', header=T)

data.pca = prcomp(data[,-1])

groups = factor(gsub('(.).', '\\1', data$SpecieName))

plot(data.pca$x, col=groups)

Inoltre, se vuoi impostare specifico colori, puoi sempre indicizzare in un elenco personalizzato allo stesso modo:

cols = c('red', 'blue', 'black')[groups]
plot(data.pca$x, col=cols)