Comment code couleur diagramme de dispersion de ACoP

Question

Je suis nouveau à cela. Je dois courir ACoP sur la matrice de données suivantes. Je suis en mesure d'exécuter mes analyses à l'aide ade4, labdsv, Ginko, logiciels AABEL. Ce qui est me tracasse est de savoir comment le code couleur des étiquettes dans le diagramme de dispersion. Ma matrice est une matrice présence / absence dans l'ordre:

SpecieName Value1 Value2
A1         0      1
A2         1      1
A3         1      1
B1         0      0
B2         0      1
E1         1      0
E2         0      0

Ce que je veux représenter A1, A2 et A3 en rouge, et B1 B2 en bleu et tous ceux de E en noir. Toute aide sera appréciée.

Answer 1

Il suffit de passer dans un facteur qui indique ces groupes à la commande de traçage:

data = read.table('data.txt', header=T)

data.pca = prcomp(data[,-1])

groups = factor(gsub('(.).', '\\1', data$SpecieName))

plot(data.pca$x, col=groups)

En outre, si vous souhaitez définir spécifique couleurs, vous pouvez toujours l'index dans une liste personnalisée de la même façon:

cols = c('red', 'blue', 'black')[groups]
plot(data.pca$x, col=cols)