Как раскрасить рассеянный график PCOA

Question

Так что я новичок в этом. Мне нужно запустить PCOA на следующей матрице данных. Я могу запустить свой анализ, используя ADE4, Labdsv, Ginko, Aabel Softwares. Что меня беспокоит, так это то, как раскрасить этикетки в графике разброса. Моя матрица - это матрица присутствия/отсутствия в порядке:

SpecieName Value1 Value2
A1         0      1
A2         1      1
A3         1      1
B1         0      0
B2         0      1
E1         1      0
E2         0      0

Я хочу представлять A1, A2, а также A3 в красном, B1 а также B2 синим и всем E в черном. Любая помощь будет оценена.

Answer 1

Просто передайте фактор, который обозначает эти группы в команду построения:

data = read.table('data.txt', header=T)

data.pca = prcomp(data[,-1])

groups = factor(gsub('(.).', '\\1', data$SpecieName))

plot(data.pca$x, col=groups)

Кроме того, если вы хотите установить специфический Цвета, вы всегда можете указать в пользовательский список одинаково:

cols = c('red', 'blue', 'black')[groups]
plot(data.pca$x, col=cols)