PCOAのコード散布プロットを着色する方法

Question

だから私はこれに慣れています。次のデータマトリックスでPCOAを実行する必要があります。 ADE4、LABDSV、Ginko、Aabelソフトウェアを使用して分析を実行できます。私を悩ませているのは、散布図のラベルをコードする方法です。私のマトリックスは、順序の存在/不在マトリックスです。

SpecieName Value1 Value2
A1         0      1
A2         1      1
A3         1      1
B1         0      0
B2         0      1
E1         1      0
E2         0      0

私が欲しいのは表現することです A1, A2, 、 と A3 赤で、 B1 と B2 青とすべてのもの E 黒のもの。どんな助けも感謝します。

Answer 1

これらのグループをプロットコマンドに示す要因を渡すだけです。

data = read.table('data.txt', header=T)

data.pca = prcomp(data[,-1])

groups = factor(gsub('(.).', '\\1', data$SpecieName))

plot(data.pca$x, col=groups)

また、設定したい場合 明確な 色、いつでも同じ方法でカスタムリストにインデックスを作成できます。

cols = c('red', 'blue', 'black')[groups]
plot(data.pca$x, col=cols)