en utilisant R.zoo pour tracer plusieurs séries avec des barres d'erreur

Question

J'ai des données qui ressemble à ceci:

   > head(data)
             groupname ob_time dist.mean  dist.sd dur.mean   dur.sd   ct.mean    ct.sd
      1      rowA     0.3  61.67500 39.76515 43.67500 26.35027  8.666667 11.29226
      2      rowA    60.0  45.49167 38.30301 37.58333 27.98207  8.750000 12.46176
      3      rowA   120.0  50.22500 35.89708 40.40000 24.93399  8.000000 10.23363
      4      rowA   180.0  54.05000 41.43919 37.98333 28.03562  8.750000 11.97061
      5      rowA   240.0  51.97500 41.75498 35.60000 25.68243 28.583333 46.14692
      6      rowA   300.0  45.50833 43.10160 32.20833 27.37990 12.833333 14.21800

Chaque nom de groupe est une série de données. Comme je veux tracer chaque série séparément, je les ai séparés comme ceci:

> A <- zoo(data[which(groupname=='rowA'),3:8],data[which(groupname=='rowA'),2])
> B <- zoo(data[which(groupname=='rowB'),3:8],data[which(groupname=='rowB'),2])
> C <- zoo(data[which(groupname=='rowC'),3:8],data[which(groupname=='rowC'),2])

ETA:

Thanks to gd047: Now I'm using this:

    z <- dlply(data,.(groupname),function(x) zoo(x[,3:8],x[,2]))

Les objets de zoo résultant ressemblent à ceci:

> head(z$rowA)
          dist.mean  dist.sd dur.mean   dur.sd   ct.mean    ct.sd
     0.3  61.67500 39.76515 43.67500 26.35027  8.666667 11.29226
     60   45.49167 38.30301 37.58333 27.98207  8.750000 12.46176
     120  50.22500 35.89708 40.40000 24.93399  8.000000 10.23363
     180  54.05000 41.43919 37.98333 28.03562  8.750000 11.97061
     240  51.97500 41.75498 35.60000 25.68243 28.583333 46.14692
     300  45.50833 43.10160 32.20833 27.37990 12.833333 14.21800

Donc, si je veux tracer dist.mean contre le temps et inclure des barres d'erreur égale à +/- dist.sd pour chaque série:

• Comment combiner A, B, C et dist.mean dist.sd?
• comment puis-je faire un terrain de bar, ou peut-être mieux , un graphique linéaire de l'objet résultant?

Answer 1

Je ne vois pas le point de briser les données en trois morceaux que d'avoir à combiner ensemble pour un terrain. Voici un terrain utilisant la bibliothèque ggplot2:

library(ggplot2)
qplot(ob_time, dist.mean, data=data, colour=groupname, geom=c("line","point")) + 
  geom_errorbar(aes(ymin=dist.mean-dist.sd, ymax=dist.mean+dist.sd))

espaces les valeurs de temps le long de l'échelle naturelle, vous pouvez utiliser scale_x_continuous pour définir les coches aux valeurs de temps réel. Après les avoir également espacés est plus délicate. Vous pouvez convertir ob_time à un facteur, mais qplot refuse de relier les points par une ligne

Solution 1 - graphique à barres:

qplot(factor(ob_time), dist.mean, data=data, geom=c("bar"), fill=groupname, 
      colour=groupname, position="dodge") + 
geom_errorbar(aes(ymin=dist.mean-dist.sd, ymax=dist.mean+dist.sd), position="dodge")

Solution 2 - lignes d'ajouter à l'aide manuellement le 1,2, ... recodage du facteur:

qplot(factor(ob_time), dist.mean, data=data, geom=c("line","point"), colour=groupname) +
  geom_errorbar(aes(ymin=dist.mean-dist.sd, ymax=dist.mean+dist.sd)) + 
  geom_line(aes(x=as.numeric(factor(ob_time))))

Answer 2

Ceci est une indication de la façon dont je voudrais essayer de le faire. Je l'ai ignoré groupe, vous devrez le modifier pour y inclure plus d'une série. Aussi je ne l'ai pas utilisé zoo parce que je ne sais pas grand-chose.

g <- (nrow(data)-1)/(3*nrow(data))

plot(data[,"dist.mean"],col=2, type='o',lwd=2,cex=1.5, main="This is the title of the graph",
 xlab="x-Label", ylab="y-Label", xaxt="n",
 ylim=c(0,max(data[,"dist.mean"])+max(data[,"dist.sd"])),
 xlim=c(1-g,nrow(data)+g))
axis(side=1,at=c(1:nrow(data)),labels=data[,"ob_time"])

for (i in 1:nrow(data)) {
lines(c(i,i),c(data[i,"dist.mean"]+data[i,"dist.sd"],data[i,"dist.mean"]-data[i,"dist.sd"]))
lines(c(i-g,i+g),c(data[i,"dist.mean"]+data[i,"dist.sd"], data[i,"dist.mean"]+data[i,"dist.sd"]))
lines(c(i-g,i+g),c(data[i,"dist.mean"]-data[i,"dist.sd"], data[i,"dist.mean"]-data[i,"dist.sd"]))
}

Answer 3

Lire les données en utilisant read.zoo avec la scission = argument pour diviser par groupname. Ensuite, se lient ensemble la dist, le bas et les lignes supérieures. Enfin les tracer.

Lines <- "groupname ob_time dist.mean  dist.sd dur.mean   dur.sd   ct.mean    ct.sd
rowA     0.3  61.67500 39.76515 43.67500 26.35027  8.666667 11.29226
rowA    60.0  45.49167 38.30301 37.58333 27.98207  8.750000 12.46176
rowA   120.0  50.22500 35.89708 40.40000 24.93399  8.000000 10.23363
rowA   180.0  54.05000 41.43919 37.98333 28.03562  8.750000 11.97061
rowB   240.0  51.97500 41.75498 35.60000 25.68243 28.583333 46.14692
rowB   300.0  45.50833 43.10160 32.20833 27.37990 12.833333 14.21800"

library(zoo)
# next line is only needed until next version of zoo is released
source("http://r-forge.r-project.org/scm/viewvc.php/*checkout*/pkg/zoo/R/read.zoo.R?revision=719&root=zoo")
z <- read.zoo(textConnection(Lines), header = TRUE, split = 1, index = 2)

# pick out the dist and sd columns binding dist with lower & upper 
z.dist <- z[, grep("dist.mean", colnames(z))]
z.sd <- z[, grep("dist.sd", colnames(z))]
zz <- cbind(z = z.dist, lower = z.dist - z.sd, upper = z.dist + z.sd)

# plot using N panels
N <- ncol(z.dist)
ylab <- sub("dist.mean.", "", colnames(z.dist))
plot(zz, screen = 1:N, type = "l", lty = rep(1:2, N*1:2), ylab = ylab)

Answer 4

Je ne pense pas que vous devez créer des objets de zoo pour ce type de terrain, je le ferais directement à partir de la trame de données. Bien sûr, il peut y avoir d'autres raisons d'utiliser des objets de zoo, une telle fusion intelligente, agrégation, etc.

Une option est la fonction segplot de latticeextra

library(latticeExtra)
segplot(ob_time ~ (dist.mean + dist.sd) + (dist.mean - dist.sd) | groupname, 
    data = data, centers = dist.mean, horizontal = FALSE)
## and with the latest version of latticeExtra (from R-forge):
trellis.last.object(segments.fun = panel.arrows, ends = "both", angle = 90, length = .1) +
    xyplot(dist.mean ~ ob_time | groupname, data, col = "black", type = "l")

En utilisant ensemble de données bien reproductible de Gabor ce produit: