كيفية تثبيت tophat في دبيان ؟

Question

لقد حاولت البحث و محاولة كل شيء.لدي ربطة العنق, samtools و libbam-dev المثبتة في النظام.أثناء تشغيل ./configure أنا على الحصول على هذا الخطأ:

checking for bamlib... configure: error: We could not detect the
bam libraries (version  or higher). If you have a staged bam library
(still not installed) please specify $BAM_ROOT in your environment
and do not give a PATH to --with-bam option.

كيف يمكنني حل هذا الخطأ وتثبيت tophat?

Answer 1

SAMtools يجب أن يكون proparly تعبئتها ، وإلا TopHat لا يمكن استخدامها.لذلك:

1. بناء بام من المصدر الأول.الحصول عليه في http://samtools.sourceforge.net/.
2. اختيار بام مجلد التثبيت (أود أن أشير أنه تثبيت أدناه).
3. نسخ كافة C رأس الملفات تثبيت/تشمل/bam.
4. نسخ libbam.a إلى تثبيت/ليب.
5. مكان samtools الثنائية على المسار الخاص بك.
6. بالنسبة TopHat ، في محاولة ./تكوين - مع بام=تثبيت
7. إذا كان هذا لا يعمل لسبب غريب ، حاول أيضا تصدير BAM_ROOT=تثبيت قبل تشغيل ./تكوين.