Come installare Tophat in Debian?

Question

Ho provato a cercare e provare tutto.Ho installato Bowtie, Samtools e Libbam-Dev nel mio sistema.Durante l'esecuzione di ./configure, sto ricevendo questo errore:

checking for bamlib... configure: error: We could not detect the
bam libraries (version  or higher). If you have a staged bam library
(still not installed) please specify $BAM_ROOT in your environment
and do not give a PATH to --with-bam option.

.

Come risolvo questo errore e installare Tophat?

Answer 1

Samtools deve essere imballato proprontamente, altrimenti Tophat non può usarli.Quindi:

.
1. Costruisci prima il BAM dalla sorgente.Scaricalo a http://samtools.sourceforge.net/ .
2. Scegli la cartella di installazione BAM (mi riferisco come install sotto).
3. Copia tutti i file di intestazione C su Installa / Includi / BAM .
4. Copia libbam.a a Installa / lib .
5. Posiziona samtools binary sul tuo percorso.
6. Per Tophat, prova ./ Configura --with-bam= installa
7. Se questo non funziona per qualche strano motivo, prova anche all'esportazione BAM_ROOT= Installa prima di eseguire ./ Configura .