데비안에 TopHat을 설치하는 방법?

StackOverflow https://stackoverflow.com//questions/12685004

  •  12-12-2019
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문제

나는 모든 것을 검색하고 시도하려고 시도했다.나는 Bowtie, samtools 및 libbam-dev가 내 시스템에 설치되어 있습니다../configure를 실행하는 동안이 오류가 발생합니다. 

checking for bamlib... configure: error: We could not detect the
bam libraries (version  or higher). If you have a staged bam library
(still not installed) please specify $BAM_ROOT in your environment
and do not give a PATH to --with-bam option.
.

어떻게이 오류를 해결하고 tophat을 설치합니까?

도움이 되었습니까?

해결책

samtools는 proparly 패키지를 가져야합니다. 그렇지 않으면 Tophat을 사용할 수 없습니다.그래서 :

  1. 소스에서 먼저 BAM을 구축하십시오."nofollow"> http://samtools.sourceforge.net/ 를 가져 가십시오.
  2. BAM 설치 폴더를 선택하십시오 (아래 install 아래 참조).
  3. 모든 C 헤더 파일을 설치 / em> 포함 / bam 에 복사하십시오.
  4. libbam.a 복사 / lib 를 .
  5. 장소 samtools 바이너리가 경로에 있습니다.
  6. tophat의 경우 ./ configure --with-bam= 설치
  7. 이로 인해 일부 이상한 이유로 작동하지 않으면 ./ 을 실행하기 전에 bam_root= 설치 을 내보내십시오. .
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