如何在 Debian 中安装 tophat？

StackOverflow https://stackoverflow.com//questions/12685004

  •  12-12-2019
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题

我尝试过搜索并尝试一切。我的系统中安装了 Bowtie、samtools 和 libbam-dev。在跑步的时候 ./configure 我收到此错误：

checking for bamlib... configure: error: We could not detect the
bam libraries (version  or higher). If you have a staged bam library
(still not installed) please specify $BAM_ROOT in your environment
and do not give a PATH to --with-bam option.

如何解决此错误并安装 tophat？

有帮助吗？

解决方案

SAMtools 必须正确打包，否则 TopHat 无法使用它们。所以：

  1. 首先从源头构建 BAM。获取它： http://samtools.sourceforge.net/.
  2. 选择 BAM 安装文件夹（我将其称为 安装 以下）。
  3. 将所有 C 头文件复制到 安装/包括/bam.
  4. 复制 libbam.a 到 安装/库.
  5. 地方 萨姆工具 您的路径上的二进制文件。
  6. 对于 TopHat，请尝试 。/配置 --with-bam=安装
  7. 如果由于某种奇怪的原因这不起作用，请尝试导出 BAM_ROOT=安装 跑步前 。/配置.
许可以下： CC-BY-SA 和 归因
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