Debianにトップハットをインストールする方法

Question

私はすべてを検索しようとしました。私は私のシステムにBowtie、Samtools、およびlibbam-devがインストールされています。./configureを実行している間、このエラーが発生しています。

checking for bamlib... configure: error: We could not detect the
bam libraries (version  or higher). If you have a staged bam library
(still not installed) please specify $BAM_ROOT in your environment
and do not give a PATH to --with-bam option.

.

このエラーを解決し、トップハットをインストールする方法は？

Answer 1

SamtoolsはPROPARにパッケージ化されている必要があります。それ以外の場合、TOPHATはそれらを使用することはできません。そのため：

1. 最初にソースからBAMをビルドします。 http://samtools.sourceforge.net/
2. BAMインストールフォルダを選択します（私はそれを install 以下を参照）。
3. すべてのCヘッダファイルを install / にコピーします/ bam 。
4. コピー libbam.a インストール / lib 。
5. 場所 samtools バイナリ。
6. tophatの場合は、 ./ configure --with-bam= install
7. これがいくつかの奇妙な理由でうまくいかない場合は、 ./ configure を実行する前にBAM_ROOT= install をエクスポートしてみてください。