Как установить Tophat в Debian?

Question

Я попробовал поиск и пробовать все.У меня есть Bowtie, Samtools и Libbam-DEV, установленные в моей системе.При работе ./configure Я получаю эту ошибку:

checking for bamlib... configure: error: We could not detect the
bam libraries (version  or higher). If you have a staged bam library
(still not installed) please specify $BAM_ROOT in your environment
and do not give a PATH to --with-bam option.

.

Как решить эту ошибку и установить tophat?

Answer 1

Samtools должен быть полностью упакован, в противном случае Tophat не может их использовать.Итак:

1. построить BAM из источника сначала.Получите его в http://samtools.sourceforge.net/ .
2. Выберите монтаж BAM-папки (я ссылаюсь на это как Установить ниже).
3. Скопируйте все файлы заголовка C Установить / включают / bam .
4. Скопируйте libbam.a на Установите / lib .
5. Место samtools Бинар на вашем пути.
6. для tophat, попробуйте ./ Настройка --with-bam= Установка
7. Если это не работает на какую-то странную причину, попробуйте также экспортировать BAM_ROOT= Установить перед запуском ./ Настройка .