题
我尝试过搜索并尝试一切。我的系统中安装了 Bowtie、samtools 和 libbam-dev。在跑步的时候 ./configure
我收到此错误:
checking for bamlib... configure: error: We could not detect the
bam libraries (version or higher). If you have a staged bam library
(still not installed) please specify $BAM_ROOT in your environment
and do not give a PATH to --with-bam option.
如何解决此错误并安装 tophat?
解决方案
SAMtools 必须正确打包,否则 TopHat 无法使用它们。所以:
- 首先从源头构建 BAM。获取它: http://samtools.sourceforge.net/.
- 选择 BAM 安装文件夹(我将其称为 安装 以下)。
- 将所有 C 头文件复制到 安装/包括/bam.
- 复制 libbam.a 到 安装/库.
- 地方 萨姆工具 您的路径上的二进制文件。
- 对于 TopHat,请尝试 。/配置 --with-bam=安装
- 如果由于某种奇怪的原因这不起作用,请尝试导出 BAM_ROOT=安装 跑步前 。/配置.
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