¿Cómo instalar Tophat en Debian?

Question

He intentado buscar e intentarlo todo.Tengo Bowtie, Samtools y Libbam-Dev instalado en mi sistema.Mientras ejecuta ./configure, estoy recibiendo este error:

checking for bamlib... configure: error: We could not detect the
bam libraries (version  or higher). If you have a staged bam library
(still not installed) please specify $BAM_ROOT in your environment
and do not give a PATH to --with-bam option.

¿Cómo resuelvo este error e instalo Tophat?

Answer 1

SamTools debe ser empaquetado con equilibrio, de lo contrario, Tophat no puede usarlos.Entonces:

1. construir bam de la fuente primero.Consíguelo en http://samtools.sourceforge.net/ .
2. Elija la carpeta de instalación de BAM (lo refiero a install a continuación).
3. Copie todos los archivos de encabezado C a install / incluyen / bam .
4. copia libbam.a a install / lib .
5. colocar samtools binario en su camino.
6. para tophat, intente ./ configure --with-bam= install
7. Si esto no funciona para una razón extraña, intente también exportar bam_root= install antes de ejecutar ./ configurar .