Come installare Tophat in Debian?
Domanda
Ho provato a cercare e provare tutto.Ho installato Bowtie, Samtools e Libbam-Dev nel mio sistema.Durante l'esecuzione di ./configure
, sto ricevendo questo errore:
checking for bamlib... configure: error: We could not detect the
bam libraries (version or higher). If you have a staged bam library
(still not installed) please specify $BAM_ROOT in your environment
and do not give a PATH to --with-bam option.
.
Come risolvo questo errore e installare Tophat?
Soluzione
Samtools deve essere imballato proprontamente, altrimenti Tophat non può usarli.Quindi:
- .
- Costruisci prima il BAM dalla sorgente.Scaricalo a http://samtools.sourceforge.net/ .
- Scegli la cartella di installazione BAM (mi riferisco come install sotto).
- Copia tutti i file di intestazione C su Installa / Includi / BAM .
- Copia libbam.a a Installa / lib .
- Posiziona samtools binary sul tuo percorso.
- Per Tophat, prova ./ Configura --with-bam= installa
- Se questo non funziona per qualche strano motivo, prova anche all'esportazione BAM_ROOT= Installa prima di eseguire ./ Configura .
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