Como instalar o tophat no Debian?
Pergunta
Eu tentei pesquisar e tentar de tudo.Tenho bowtie, samtools e libbam-dev instalados em meu sistema.Enquanto correndo ./configure
Estou recebendo este erro:
checking for bamlib... configure: error: We could not detect the
bam libraries (version or higher). If you have a staged bam library
(still not installed) please specify $BAM_ROOT in your environment
and do not give a PATH to --with-bam option.
Como resolvo esse erro e instalo o tophat?
Solução
SAMtools devem ser empacotados adequadamente, caso contrário o TopHat não poderá utilizá-los.Então:
- Crie primeiro o BAM a partir da fonte.Obtenha em http://samtools.sourceforge.net/.
- Escolha a pasta de instalação do BAM (eu me refiro como instalar abaixo).
- Copie todos os arquivos de cabeçalho C para instalar/incluir/bam.
- cópia de libbam.a para instalar/biblioteca.
- Lugar ferramentas binário em seu caminho.
- Para TopHat, tente ./configure --com-bam=instalar
- Se isso não funcionar por algum motivo estranho, tente também exportar BAM_ROOT=instalar antes de correr ./configure.
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