Como instalar o tophat no Debian?

Question

Eu tentei pesquisar e tentar de tudo.Tenho bowtie, samtools e libbam-dev instalados em meu sistema.Enquanto correndo ./configure Estou recebendo este erro:

checking for bamlib... configure: error: We could not detect the
bam libraries (version  or higher). If you have a staged bam library
(still not installed) please specify $BAM_ROOT in your environment
and do not give a PATH to --with-bam option.

Como resolvo esse erro e instalo o tophat?

Answer 1

SAMtools devem ser empacotados adequadamente, caso contrário o TopHat não poderá utilizá-los.Então:

1. Crie primeiro o BAM a partir da fonte.Obtenha em http://samtools.sourceforge.net/.
2. Escolha a pasta de instalação do BAM (eu me refiro como instalar abaixo).
3. Copie todos os arquivos de cabeçalho C para instalar/incluir/bam.
4. cópia de libbam.a para instalar/biblioteca.
5. Lugar ferramentas binário em seu caminho.
6. Para TopHat, tente ./configure --com-bam=instalar
7. Se isso não funcionar por algum motivo estranho, tente também exportar BAM_ROOT=instalar antes de correr ./configure.