Как установить Tophat в Debian?
Вопрос
Я попробовал поиск и пробовать все.У меня есть Bowtie, Samtools и Libbam-DEV, установленные в моей системе.При работе ./configure
Я получаю эту ошибку:
checking for bamlib... configure: error: We could not detect the
bam libraries (version or higher). If you have a staged bam library
(still not installed) please specify $BAM_ROOT in your environment
and do not give a PATH to --with-bam option.
.
Как решить эту ошибку и установить tophat?
Решение
Samtools должен быть полностью упакован, в противном случае Tophat не может их использовать.Итак:
- построить BAM из источника сначала.Получите его в http://samtools.sourceforge.net/ .
- Выберите монтаж BAM-папки (я ссылаюсь на это как
Установить ниже). - Скопируйте все файлы заголовка C
Установить / включают / bam . - Скопируйте libbam.a на Установите / lib .
- Место samtools Бинар на вашем пути.
- для tophat, попробуйте ./ Настройка --with-bam= Установка
- Если это не работает на какую-то странную причину, попробуйте также экспортировать BAM_ROOT=
Установить перед запуском ./ Настройка .
Не связан с StackOverflow