كيف يمكنني تثبيت أحدث إصدار Bioperl عند استخدام PerlBrew؟

Question

أنا استخدم perlbrew وأود تثبيت أحدث إصدار Bioperl. هل ينبغي أن أستخدم cpanm أو git?

إذا git - هل أقوم بتثبيت كالمعتاد (ويعرف أيضًا باسم git clone ... ثم اصنع وبناء) ، أم يجب أن أفعل أي شيء مميز؟

تحديث

على وجه التحديد ، لست متأكدًا من أنني أفهم الخبير التالي من Bioperl باستخدام دليل GIT:

أخبر بيرل أين يمكن العثور على bioperl (على افتراض أنك قمت بفحص الرمز في $ home/src ؛ اضبط هذا في .bash_profile ، .profile ، أو .cshrc):

bash: $ export PERL5LIB="$HOME/src/bioperl-live:$PERL5LIB"
tcsh: $ setenv PERL5LIB "$HOME/src/bioperl-live:$PERL5LIB"

لماذا هذا ضرر؟

تحديث 2

ببساطة تصدير dir bioperl لا يؤثر على كل bp_***.pl البرامج النصية (التي عادة ما توجد تحت /usr/bin/ بعد طبيعية Build تثبيت).

حاولت أيضًا البناء من DIR المستنسخة بعد التبديل إلى إصدار Perl الصحيح باستخدام perlbrerw, ، ولكن بعد ذلك يتم تشغيل CPAN Shell لتثبيت بعض التبعيات التي لا يبدو أنها تعمل بشكل جيد perlbrew (في مقابل cpanm).

لذا ، يبقى سؤالي ...

شكرًا!

Answer 1

الأخيرة Bioperl سيكون دائما على جيثب, ، لذلك git هو إجابتك هناك. سواء كنت تريد أن تكون حافة النزف هي قصة أخرى أم لا ، ولكن بعد اتباع القائمة البريدية Bioperl لبعض الوقت ، أشعر بأن المطورين هم أكثر عرضة للقول "تثبيت من جيثب"إذا كان لديك أي مشاكل مع Bioperl ، خاصة وأن أحدث إصدار على CPAN هو من عام 2009. كان هناك الكثير من التنمية منذ ذلك الحين.

بالنسبة لتثبيته ، لا أرى لماذا لا يمكنك المضي قدمًا والقيام بالمعايير git clone ... جعل/بناء الرقص بمجرد استخدامك perlbrew بيرل ، لأن هذا نوع من الهدف perlbrew. :-)

تحديث لتحديث السؤال: Blurb حول الإعداد PERL5LIB هل هناك لأنه من المفترض أن Bioperl لا تحتاج إلى بناؤه بمجرد استنساخه عبر git; ؛ إنه جاهز لاستخدام مباشرة خارج الصندوق. على افتراض أنك لم تستنسخها في دليل في @LIB, ، عليك أن تخبر بيرل أين تجدها. سيكون عليك القيام بذلك سواء كنت تستخدم أم لا perlbrew.

في الأساس ، فإن العملية تسير على هذا النحو:

1. استنساخ bioperl من جيثب.
2. تأكد من أنك تستخدم perlbrew-تثبيت بيرل.
3. تعيين PERL5LIB متغير البيئة وفقًا لتعليمات BiOPERL.
4. يجري perl -MBio::Perl -le 'print Bio::Perl->VERSION;' للتأكد من أنك تستخدم Bioperl الذي قمت بتسجيله للتو.

انظر الى Sourcecode, ، #4 يجب أن تطبع 1.006900 ، على ما أعتقد (أو ربما 1.6.9 ، لا يمكنني أبدًا الحفاظ على أرقام إصدار Perl مستقيمة).