Как установить новейшую версию BIOPERL при использовании перльбура?

Question

я использую perlbrew И я хотел бы установить новейшую версию BIOPERL. Должен ли я использовать cpanm или git?

Если git - Я просто устанавливаю как обычно (aka git clone ... Тогда сделайте и постройте), или я должен сделать что-нибудь особенное?

ОБНОВИТЬ

Конкретно, я не уверен, что понимаю следующий эксперт от BioPerl с использованием Git Manual:

Скажите Perl, где найти BIOPERL (при условии, что вы проверили код в $ Home / SRC; установите это в свой .bash_profile, .profile или .cshrc):

bash: $ export PERL5LIB="$HOME/src/bioperl-live:$PERL5LIB"
tcsh: $ setenv PERL5LIB "$HOME/src/bioperl-live:$PERL5LIB"

Почему этот необходимый?

Обновление 2.

Просто экспортировка клонированного с клонированной биопортом не влияет на все bp_***.pl скрипты (которые обычно встречаются под /usr/bin/ после нормального Build установка).

Я также пытался построить с клонированного DIR после переключения на правильную версию Perl, используя perlbrerw, но затем он запускает CPAN Shell для установки некоторых зависимостей, которые не работают хорошо с perlbrew (в отличие от cpanm).

Итак, мой вопрос остается ...

Спасибо!

Answer 1

Последний Биоперл всегда будет на Гадость, Так что твой ответ Git там. Хотите ли вы хотите кровотечение кровью - это другая история, но после последующего после рассылки BioPerl в течение некоторого времени я получаю ощущение, что разработчики с большей вероятностью скажутУстановите из GitHub«Если у вас возникнут проблемы с Bioperl, тем более что Самая последняя версия на CPAN с 2009 года. С тех пор было много развития.

Что касается установки его, я не понимаю, почему вы не могли просто идти вперед и сделать стандарт git clone ... сделать / строить танец, как только вы используете свой perlbrew Perl, как это рода точка perlbrew. :-)

Обновление для обновления вопросов: Блоку о настройке PERL5LIB Есть, потому что предположительно BioPerl не нужно построить, как только вы клонируете его через git; Это готов к использованию прямо из коробки. Предполагая, что вы не квалифицировали его в каталог в @LIB, вам нужно сказать Perl, где его найти. Вам придется сделать это, используете ли вы или нет perlbrew.

По сути, процесс идет так:

1. Клон биоперл из github.
2. Убедитесь, что вы используете свой perlbrewУстановлен Perl.
3. Установить PERL5LIB Переменная среды в соответствии с инструкциями BioPerl.
4. Бегать perl -MBio::Perl -le 'print Bio::Perl->VERSION;' Чтобы убедиться, что вы используете Bioperl, вы только что проверили.

Смотря на Sourcecode, # 4 следует распечатать 1.006900, я думаю (или, может быть, 1.6.9, я никогда не могу сохранить номера версий Perl прямо).