Come faccio a installare la versione più recente Bioperl quando si utilizza perlbrew?

Question

sto usando perlbrew e vorrei installare la versione più recente Bioperl. Dovrei usare cpanm o git?

Se git -? Faccio basta installare come al solito (AKA git clone ... poi fare e costruire), o devo fare qualcosa di speciale

Aggiorna

In particolare, non sono sicuro ho capito quanto segue esperto Bioperl manuale Using Git :

  

perl dire dove trovare Bioperl   (Supponendo che hai estratto il codice   $ HOME / src; impostare questo nel vostro   .bash_profile, .profile, o .cshrc):

bash: $ export PERL5LIB="$HOME/src/bioperl-live:$PERL5LIB"
tcsh: $ setenv PERL5LIB "$HOME/src/bioperl-live:$PERL5LIB"

Perché questo è necesary?

UPDATE 2

È sufficiente esportare il Bioperl clonato dir non effettuare tutti gli script bp_***.pl (che si trovano di solito sotto /usr/bin/ dopo una normale installazione Build).

Inoltre ho cercato di costruire dalla dir clonato dopo il passaggio alla versione perl corretto utilizzando perlbrerw, ma poi si corre shell CPAN di installare alcune dipendenze che non sembrano funzionare bene con perlbrew (al contrario di cpanm).

Quindi, la mia domanda rimane ...

Grazie!

Answer 1

L'ultima Bioperl sta andando sempre essere su GitHub , quindi git non c'è la vostra risposta. O se non si vuole bleeding edge è un'altra storia, ma dopo aver seguito la lista Bioperl per qualche tempo ho la sensazione che gli sviluppatori sono più propensi a dire " installare da GitHub " se avete problemi con Bioperl, soprattutto perché il versione più recente su CPAN è dal 2009. C'è stato un sacco di sviluppo da allora.

Per quanto riguarda l'installazione, non vedo il motivo per cui non si poteva solo andare avanti e fare la danza standard di git clone ... make / build una volta si utilizza il Perl perlbrew, in quanto questo è il tipo di punto di perlbrew. : -)

Aggiornamento per l'aggiornamento domanda: La fascetta sull'impostazione PERL5LIB è lì perché presumibilmente Bioperl non ha bisogno di essere costruita una volta che hai clonato via git; è pronto per l'uso fuori dritto dalla scatola. Supponendo che non si è clonato in una directory in @LIB, è necessario dire a Perl dove trovarlo. Si dovrebbe fare questo anche se non si sta utilizzando perlbrew.

In sostanza il processo va in questo modo:

1. Clone Bioperl da GitHub.
2. Assicurati di utilizzare il perlbrew-installato Perl.
3. Imposta la variabile d'ambiente PERL5LIB secondo le istruzioni Bioperl.
4. Esegui perl -MBio::Perl -le 'print Bio::Perl->VERSION;' per assicurarsi che si sta utilizzando il Bioperl appena estratto.

il codice sorgente , # 4 dovrebbe stampare 1,006,9 mille, credo (o forse 1.6.9, non riesco mai a mantenere i numeri di versione di Perl dritto).