使用Perlbrew时，如何安装最新的Bioperl版本？

Question

我正在使用 perlbrew 我想安装最新的Bioperl版本。我应该使用 cpanm 或者 git?

如果 git - 我只是像往常一样安装（又名 git clone ... 然后制作和构建），还是我应该做任何特别的事情？

更新

具体来说，我不确定我了解以下专家 使用GIT手册的生物器:

告诉perl在哪里可以找到Bioperl（假设您在$ home/src中检查了代码；在.bash_profile，.profile或.cshrc中设置此代码）：

bash: $ export PERL5LIB="$HOME/src/bioperl-live:$PERL5LIB"
tcsh: $ setenv PERL5LIB "$HOME/src/bioperl-live:$PERL5LIB"

为什么这是必要的？

更新2

简单地导出Bioperl克隆的DIR不会影响所有 bp_***.pl 脚本（通常在下面找到 /usr/bin/ 正常之后 Build 安装）。

我还尝试使用克隆的dir构建，然后使用正确的perl版本使用 perlbrerw, ，但随后运行CPAN外壳以安装一些似乎无法正常工作的依赖项 perlbrew （而不是 cpanm).

所以，我的问题仍然是...

谢谢！

Answer 1

最新的 Bioperl 总是会继续 github, ，所以Git就是您的答案。无论您是否想要出血边缘是另一个故事，但是在遵循Bioperl邮件列表之后，我感到开发人员更有可能说“”从GitHub安装“如果您在Bioperl上有任何问题，尤其是因为 CPAN上的最新版本 从2009年开始。从那时起，已经有很多发展。

至于安装它，我不明白为什么您不能继续进行标准 git clone ... 一旦使用您的舞蹈/建立舞蹈 perlbrew 佩尔，因为那是 perlbrew. :-)

问题更新更新： 关于设置 PERL5LIB 是否在那里，因为大概是Bioperl一旦您通过 git;它可以直接使用开箱即用。假设您还没有将其克隆到目录中 @LIB, ，您需要告诉Perl在哪里可以找到它。无论您是否正在使用，您都必须这样做 perlbrew.

从本质上讲，过程是这样的：

1. 来自GitHub的克隆生物播。
2. 确保您正在使用 perlbrew- 安装perl。
3. 设置 PERL5LIB 环境变量根据Bioperl指令。
4. 跑 perl -MBio::Perl -le 'print Bio::Perl->VERSION;' 为了确保您使用的是刚刚检查的Bioperl。

看着 源代码, ，＃4应该打印出1.006900，我认为（或者也许1.6.9，我永远无法保持Perl版本号码）。