¿Cómo se instala la versión más reciente BioPerl cuando se utiliza perlbrew?

Question

Estoy usando perlbrew y me gustaría instalar la versión más reciente bioperl. ¿Debo usar cpanm o git?

Si git -? No acabo de instalar como de costumbre (También conocido como git clone ... a continuación, hacer y construcción), o debería hacer especial cualquier cosa

Actualizar

En concreto, no estoy seguro de entender lo siguiente experto de BioPerl Usando Git manual de :

Perl decir dónde encontrar BioPerl (Suponiendo que el check out en el código $ HOME / src; establecer esto en su .bash_profile, .profile o .cshrc):

bash: $ export PERL5LIB="$HOME/src/bioperl-live:$PERL5LIB"
tcsh: $ setenv PERL5LIB "$HOME/src/bioperl-live:$PERL5LIB"

¿Por qué es NECESARIO?

ACTUALIZACIÓN 2

Simplemente exportar el directorio bioperl clonado no afecta a todos los scripts bp_***.pl (que por lo general se encuentran bajo /usr/bin/ después de una instalación normal Build).

También trató de construir desde el dir clonado después de cambiar a la versión de Perl correcta utilizando perlbrerw, pero luego se ejecuta shell de CPAN para instalar algunas dependencias que no parecen funcionar bien con perlbrew (en contraposición a cpanm).

Por lo tanto, mi pregunta es ...

Gracias!

Answer 1

La última BioPerl siempre va a estar en GitHub , por lo Git es su respuesta allí. Aun cuando no se desea borde de la sangría es otra historia, pero después de seguir la lista de correo BioPerl desde hace algún tiempo me da la sensación de que los desarrolladores son más propensos a decir " instalar desde GitHub " si tiene algún problema con BioPerl, sobre todo porque el versión más reciente en CPAN es de 2009. ha habido un gran desarrollo desde entonces.

En cuanto a su instalación, no veo por qué no pudo seguir adelante y hacer la danza git clone ... marca / compilación estándar una vez que usted está utilizando su Perl perlbrew, ya que es una especie de punto de perlbrew. : -)

Actualizar para actualizar pregunta: La propaganda sobre la configuración PERL5LIB está ahí porque presumiblemente BioPerl no necesita ser construido vez has clonado vía git; que está listo para usar en línea recta de la caja. Suponiendo que no haya clonado en un directorio en @LIB, tiene que decirle a Perl dónde encontrarlo. Usted tendría que hacer esto si está o no está utilizando perlbrew.

En esencia, el proceso es el siguiente:

1. Clonar BioPerl de GitHub.
2. Asegúrese de que está usando su perlbrew-instalado Perl.
3. Establecer la variable de entorno PERL5LIB según las instrucciones BioPerl.
4. Ejecutar perl -MBio::Perl -le 'print Bio::Perl->VERSION;' para asegurarse de que está utilizando el BioPerl que acaba de comprobar a cabo.

En cuanto a el código fuente , # 4 debe imprimir 1.006900, creo (o tal vez 1.6.9, nunca puedo mantener los números de versión de Perl recta).