Perlbrewを使用する場合、最新のBioperlバージョンをインストールするにはどうすればよいですか？

Question

私は使用しています perlbrew そして、最新のBioperlバージョンをインストールしたいと思います。使用する必要があります cpanm また git?

もしも git - いつものようにインストールしますか（別名 git clone ... 次に、作成して構築します）、または私は何か特別なことをする必要がありますか？

アップデート

具体的には、以下の専門家を理解しているかどうかはわかりません gitマニュアルを使用したバイオペル:

Bioperlを見つける場所をPerlに伝えます（$ home/srcでコードをチェックアウトしたと仮定します。これを.bash_profile、.profile、または.cshrcで設定します）：

bash: $ export PERL5LIB="$HOME/src/bioperl-live:$PERL5LIB"
tcsh: $ setenv PERL5LIB "$HOME/src/bioperl-live:$PERL5LIB"

なぜこの必要なのですか？

更新2

単にバイオペルルクローン式をエクスポートするだけでは、すべてに影響しません bp_***.pl スクリプト（通常は下にあります /usr/bin/ 通常の後 Build インストール）。

また、正しいPERLバージョンに切り替えた後、クローンDIRからビルドしようとしました perlbrerw, 、しかし、それはCPANシェルを実行して、うまく機能しないと思われるいくつかの依存関係をインストールします perlbrew （とは対照的に cpanm).

だから、私の質問は残っています...

ありがとう！

Answer 1

最新の バイオペル 常にオンになります github, 、gitはそこにあなたの答えです。出血したいエッジが別の話であるかどうかは別の話ですが、しばらくの間バイオペルールメーリングリストに従って、開発者が言う可能性が高いと感じています。Githubからインストールします「バイオペルルに問題がある場合、特に CPANに関する最新のバージョン 2009年からです。それ以来、多くの開発があります。

それをインストールすることに関しては、なぜあなたが先に進んで標準をすることができなかった理由がわかりません git clone ... 使用したらダンスを作ります perlbrew Perl、それは一種のポイントです perlbrew. :-)

質問の更新の更新： 設定に関する宣伝文句 PERL5LIB おそらくバイオペルールを構築する必要がないと思われるからです git;箱から出してすぐに使用する準備ができています。あなたがそれをディレクトリにクローン化していないと仮定します @LIB, 、あなたはそれをどこで見つけるかをPerlに伝える必要があります。あなたが使用しているかどうかにかかわらず、あなたはこれをしなければなりません perlbrew.

基本的にプロセスは次のようになります：

1. Githubのクローンバイオペル。
2. あなたがあなたを使っていることを確認してください perlbrew-Perlをインストールしました。
3. をセットする PERL5LIB Bioperlの指示に従って環境変数。
4. 走る perl -MBio::Perl -le 'print Bio::Perl->VERSION;' チェックアウトしたばかりのバイオペルルを使用していることを確認するために。

見つめている sourcecode, 、＃4は1.006900を印刷する必要があります（または、1.6.9、Perlバージョン番号をまっすぐに保つことはできません）。