Comment puis-je installer la dernière version BioPerl lors de l'utilisation perlbrew?

Question

J'utilise perlbrew et je voudrais installer la dernière version bioperl. Dois-je utiliser cpanm ou git?

Si git - dois-je installer comme d'habitude (AKA git clone ... puis faire et construire), ou dois-je faire quelque chose de spécial

UPDATE

Plus précisément, je ne suis pas sûr que je comprends l'expert à la suite de BioPerl manuel Utilisation de Git :

  

DITES perl où trouver BioPerl   (En admettant que vous avez extrait le code   $ HOME / src; mettre dans votre   .bash_profile, .profile ou .cshrc):

bash: $ export PERL5LIB="$HOME/src/bioperl-live:$PERL5LIB"
tcsh: $ setenv PERL5LIB "$HOME/src/bioperl-live:$PERL5LIB"

Pourquoi est-ce necesary?

MISE À JOUR 2

exporter simplement le répertoire cloné de bioperl n'affecte pas tous les scripts bp_***.pl (qui sont généralement sous /usr/bin/ après une installation normale Build).

J'ai aussi essayé de construire à partir du répertoire cloné après le passage à la version correcte de Perl en utilisant perlbrerw, mais il fonctionne shell CPAN pour installer quelques dépendances qui ne semble pas fonctionner bien avec perlbrew (par opposition à cpanm).

Alors, ma question reste ...

Merci!

Answer 1

Le dernier BioPerl va toujours être sur GitHub , donc git est votre réponse là-bas. Si oui ou non vous voulez bleeding edge est une autre histoire, mais après avoir suivi la liste de diffusion BioPerl pendant un certain temps, je le sentiment que les développeurs sont plus susceptibles de dire « installer à partir de GitHub " si vous avez des problèmes avec BioPerl, d'autant plus que la version la plus récente sur CPAN est de 2009. Il y a eu beaucoup de développement depuis.

En ce qui concerne l'installation, je ne vois pas pourquoi vous la danse classique make / build git clone ... ne pouvait pas simplement aller de l'avant et faire une fois que vous utilisez votre perl perlbrew, comme c'est le genre du point de perlbrew. : -)

Mise à jour pour la mise à jour de la question: Le texte de présentation sur la définition PERL5LIB est là parce que probablement BioPerl n'a pas besoin d'être construit une fois que vous l'avez cloné via git; il est prêt à utiliser tout droit sorti de la boîte. En supposant que vous ne l'avez pas cloné dans un répertoire @LIB, vous devez indiquer Perl où le trouver. Vous auriez à faire si vous utilisez ou non perlbrew.

Essentiellement, le processus se poursuit comme ceci:

1. Clone BioPerl de GitHub.
2. Assurez-vous que vous utilisez votre perlbrew installé Perl.
3. Définissez la variable d'environnement PERL5LIB selon les instructions bioperl.
4. Exécuter perl -MBio::Perl -le 'print Bio::Perl->VERSION;' pour vous assurer que vous utilisez le BioPerl que vous venez vérifié.

sourcecode, # 4 devrait imprimer 1,006900, je pense (ou peut-être 1.6.9, je ne peux jamais garder les numéros de version Perl droite).