Wie installiere ich die neueste Version BioPerl wenn perlbrew mit?

Question

Ich verwende perlbrew, und ich möchte die neueste bioperl Version installieren. Sollte ich cpanm oder git?

Wenn git - kann ich nur wie gewohnt installieren (AKA git clone ... dann machen und bauen), oder sollte ich etwas Besonderes tun

UPDATE

Insbesondere bin ich nicht sicher, verstehe ich die folgenden Experten von BioPerl Mit Git Handbuch :

Tells perl wo BioPerl finden (Vorausgesetzt, dass Sie überprüft den Code aus in $ HOME / src; setzen Sie diese in Ihrem Bash_profile, .profile oder .cshrc):

bash: $ export PERL5LIB="$HOME/src/bioperl-live:$PERL5LIB"
tcsh: $ setenv PERL5LIB "$HOME/src/bioperl-live:$PERL5LIB"

Warum ist das necesary?

UPDATE 2

Sie einfach die bioperl geklont dir Export hat keinen Einfluss auf die alle bp_***.pl Skripte (die in der Regel unter /usr/bin/ nach einer normalen Build Installation zu finden sind).

Ich habe auch versucht zu bauen aus dem geklonten dir nach in der richtigen Perl-Version Schalt perlbrerw verwenden, aber dann läuft es cpan Shell einige Abhängigkeiten zu installieren, die zu funktionieren scheinen nicht gut mit perlbrew (im Gegensatz zu cpanm gegen).

Also, meine Frage bleibt ...

Danke!

Answer 1

Die neueste BioPerl immer seine los ist GitHub , so git ist Ihre Antwort gibt. Unabhängig davon, ob Sie wollen bleeding edge ist eine andere Geschichte, aber nach der Mailingliste BioPerl folgenden einige Zeit ich das Gefühl, dass die Entwickler eher zu sagen, sind „ von GitHub installieren", wenn Sie mit BioPerl irgendwelche Probleme haben, vor allem, da die neueste Version auf CPAN ab 2009 ist seitdem viel Entwicklungs Es hat.

Wie es für die Installation, ich sehe nicht, warum Sie nicht einfach weitermachen konnten und tun, um den Standard-git clone ... make / build Tanz, sobald Sie Ihren perlbrew Perl verwenden, wie diese Art von Punkt der perlbrew sind. : -)

Update für Frage Update: Der kurze Text über PERL5LIB Einstellung ist da, weil vermutlich BioPerl muss nicht gebaut werden, wenn Sie es über git geklont haben; es ist bereit, direkt aus der Box verwenden. Vorausgesetzt, dass Sie es in ein Verzeichnis in @LIB nicht geklont haben, müssen Sie Perl sagen, wo es zu finden. Sie müssten, dies zu tun, ob Sie verwenden perlbrew.

Im Wesentlichen geht der Prozess wie folgt aus:

1. Clone BioPerl von GitHub.
2. Stellen Sie sicher, dass Sie mit Ihrem perlbrew installierten Perl.
3. Stellen Sie die PERL5LIB Umgebungsvariable gemäß den BioPerl Anweisungen.
4. Ausführen perl -MBio::Perl -le 'print Bio::Perl->VERSION;' um sicherzustellen, dass Sie zum BioPerl verwenden Sie nur ausgecheckt.

Mit Blick auf Quelltext , # 4 sollte 1,006900 ausdrucken, denke ich (oder vielleicht 1.6.9, ich kann nie gerade Perl Versionsnummern halten).